Entre 1910 et 1915, il étudie la philosophie, l'architecture et l'agronomie à Vienne. Il n'a jamais étudié la peinture ; il avait un talent spontané, formé à la maison par son père. Entre 1917 et 1939, il vit à Zakopane, où il appartient à l'élite artistique et intellectuelle locale autour de Stanisław Ignacy Witkiewicz et Karol Szymanowski. Il est membre de la Podhale Art Society et de la Rhythm Association of Polish Artists, coopère avec Witkacy au sein de la Portrait Company et dirige lui-même la Landscape Company. Il était actif en tant qu'alpiniste et promoteur des Tatras et du ski ; il a publié des livres : "Narkotyk gor" ("Le narcotique des montagnes") (1928), "Tatry i Podhale" ("Les Tatras et Podhale") (1935).

Dans l'entre-deux-guerres, Malczewski est un peintre très apprécié et récompensé dans son pays et à l'étranger. Il expose pour la première fois ses œuvres, avec Witkacy, en 1924 au salon de Czesław Garliński à Varsovie. Il participe à de nombreuses expositions dans son pays et à des présentations de l'art polonais à l'étranger, organisées par la Société pour la propagation de l'art polonais parmi les étrangers, ainsi qu'à des expositions internationales à Prague et Helsinki (1929), Vienne (1928), Paris (1928, 1937), Bruxelles et La Haye (1929), Budapest et Copenhague (1930), Venise (13e Biennale), Los Angeles (1932), Moscou, Édimbourg, San Francisco, New York (1933). Il expose également avec l'Association des artistes du rythme, dont il est membre depuis 1932. En 1933, il reçoit un prix artistique de la ville de Zakopane pour son tableau Morskie Oko. Lorsqu'il remporte la médaille d'or à l'exposition olympique de Berlin en 1936, on lui offre la possibilité d'acheter une série de 60 tableaux. L'artiste reçoit la médaille d'or de l'Exposition internationale d'art et de technologie de Paris en 1937 et le laurier d'or de l'Académie polonaise de littérature en 1937 pour ses œuvres.

Au début, la peinture de Rafał Malczewski a été qualifiée de surréaliste, de primitiviste, puis, avec les nouvelles explorations de l'artiste, on a parlé d'une sorte de réalisme, avant d'admettre que Malczewski s'était engagé dans une voie très distincte, intéressante et, à sa manière, proche des œuvres ultérieures des expressionnistes allemands. D'une part, le peintre a exploré le paysage de montagne dans son œuvre et est devenu un maître incontesté de ce motif ; d'autre part, il a découvert le paysage industriel lors de ses voyages en Silésie, qui, dans sa représentation empreinte de mélancolie, est devenu un genre à part entière dans la peinture polonaise et a été appelé "paysage industriel magique". Les paysages blancs des Tatras et la Silésie industrielle et noire, dépeints par Malczewski dans un style empreint d'une atmosphère de vide étrange et de nostalgie, appartiennent tous deux à la peinture métaphysique.

D'une part, l'artiste n'a pas abandonné la méthode de représentation réaliste, d'autre part, la simplification formelle a transformé le paysage ou l'intérieur représenté en une vision presque abstraite, donnant l'impression étrange et surprenante d'être irréel et réel à la fois. Ces caractéristiques des œuvres de Malczewski lui permettent d'être associé au courant du réalisme magique en vogue dans les années 1920 en Allemagne. Les gares de Silésie, les locomotives à vapeur et les wagons sur le quai, que l'artiste a introduits dans sa peinture, lui sont revenus dans la phase d'après-guerre de sa vie en exil au Canada.

La guerre a sorti l'artiste de son contexte et l'a condamné à l'errance. En passant par la France, le Portugal, le Brésil, où il passe deux ans, et les États-Unis, Malczewski et sa femme arrivent au Canada en novembre 1942. Grâce à l'intervention de Wiktor Podoski, député de la République de Pologne à Ottawa, l'artiste reçoit une commande des Chemins de fer nationaux du Canada et du Canadien Pacifique, dans le cadre de laquelle, entre 1943 et 1946, il parcourt le Canada en train, peignant des paysages et des petites gares. Le CNR a préparé des expositions des œuvres de Malczewski à Ottawa, Montréal, Toronto, Vancouver et Winnipeg, intitulées -Canadian Vision‖, et a utilisé les œuvres pour décorer l'intérieur des wagons et des gares, ainsi que pour la publicité.

En 1943, l'artiste présente deux expositions personnelles à Ottawa, où il expose des huiles réalisées au Brésil et des aquarelles canadiennes, qui sont accueillies favorablement par les critiques d'art canadiens ("The Ottawa Citizen", "The Gazette"). En 1944, Malczewski expose à la Concoran Gallery de Washington. En 1945, le peintre participe à une exposition collective d'art canadien à la Grand Central Gallery de New York, à une exposition individuelle à la galerie Parizeau de Montréal et ses œuvres sont présentées à l'exposition polonaise de l'Institut d'art de Détroit.

Malczewski écrit des chroniques pour le London "News" et pour Radio Free Europe, et est actif à l'Institut scientifique polonais de Montréal où il donne des conférences sur l'art, sur l'œuvre de son père, Jacek Malczewski, et sur ses souvenirs d'enfance, mais toutes ces activités ne permettent pas à l'artiste de gagner sa vie. La collaboration avec la très réputée Dominion Gallery de Montréal, dirigée par Max Stern, est prestigieuse pour l'artiste, mais les vernissages réussis et les bonnes critiques dans la presse ne se traduisent pas par des ventes de tableaux. Il part pour New York dans l'espoir que la vie y sera plus facile, mais revient à Montréal à la fin de l'année 1950. Il est dans un mauvais état nerveux et commence à perdre la vue.

À l'initiative de Jan Lechoń, une soirée de l'amitié de Rafał Malczewski est organisée à New York, et l'argent récolté lui permet de fonctionner quelque temps. En 1955, l'artiste rejoint le Club décoratif polonais, fondé à Montréal. En mars 1956, il est victime d'une attaque cérébrale et d'une paralysie de la main gauche avec laquelle il peignait. Il se rétablit lentement et apprend à peindre de la main droite. Les aquarelles créées après l'attaque, qui n'ont été que légèrement touchées avec de la peinture diluée, conservent la peinture réaliste caractéristique de Malczewski, avec des caractéristiques de simplification formelle.

À Toronto, une soirée consacrée à l'œuvre de Raphael Malczewski a été organisée avec un tirage au sort de ses peintures, dont les bénéfices ont été reversés pour aider l'artiste malade. Toujours à Montréal, à l'Institut scientifique polonais, est organisée une soirée intitulée "Malczewski - père et fils", dont les bénéfices sont reversés à l'artiste. En juin 1959, une exposition des aquarelles de Malczewski est organisée à Vancouver. La même année, aux frais du consulat général de Montréal et du gouvernement polonais, l'artiste se rend en Pologne, où le musée national de Varsovie envisage une exposition de ses œuvres. L'artiste n'accepte pas l'exposition et soumet à l'éditeur deux manuscrits de livres : "Navel of the World. Souvenirs de Zakopane" (publié dans Czytelnik en 1960) et "Fin d'automne" (publié seulement à Londres en 1964). La famille Malczewski n'accepte pas l'offre de rester dans le pays. Elle retourne au Canada en septembre 1959. L'artiste a décrit ses frustrations lors du voyage vers sa patrie dans les textes "Le voyage de Kulawca en Pologne" et "Z notatnika. Souvenirs de son séjour en Pologne pendant l'été 1959".

En 1962, la revue "Kultura" de Paris lui a décerné un prix. "Kultura" de Paris décerne à Malczewski un prix annuel pour son travail de peintre. En 1964, la Galerie Dominion de Montréal organise la dernière exposition de l'œuvre de Malczewski de son vivant : "Ce sont surtout des aquarelles, poétiques et délicates, aux couleurs de neige ou d'automne, qui présentent des paysages et des montagnes du Canada. Elles sont peintes de manière exquise" ("The Gazette"). L'artiste n'était pas présent au vernissage. Il est décédé en février 1965. En novembre, la PIN de Montréal a préparé une soirée à la mémoire de Rafal Malczewski. Aleksander Janta présente un essai intitulé "Rafal, que nous ne connaissons pas", des diapositives des peintures de Malczewski sont exposées. De nombreuses aquarelles, peintes pendant la période canadienne de sa vie, sont dispersées dans des maisons polonaises à Montréal, à travers le Canada et aux États-Unis (leur nombre est estimé à environ 1000 selon D. Folga-Januszewska). Les œuvres de Malczewski font partie des collections du gouverneur général du Canada, de la famille du président Eisenhower, de la National Gallery à Washington D.C., de la collection de la Compagnie des chemins de fer nationaux du Canada. Le musée national de Varsovie et le musée Jacek Malczewski de Radom possèdent une importante collection d'œuvres de l'artiste datant de l'entre-deux-guerres.

Œuvres dans le catalogue
Rafał Malczewski, "Cantons de l'Est", 1955, aquarelle, inscription en bas à droite : [Zofia et Rafał Malczewski, Au solénizant bien-aimé Stanisław Petrusewicz Rafał Malczewski, Montréal 8 mai 1955], 58,5 x 40,5 cm, dans la collection de Halina Babinska à Montréal. Un paysage de la province sub-montréalaise des Cantons de l'Est : des champs vides avec un rectangle de terre noire, des montagnes bleues au loin, des arbres sans feuilles et des buissons aux branches délicatement dessinées. Le tout dans des tons de brun, de violet et de bleu. Typique de la simplification du paysage par Rafał Malczewski. Les lignes horizontales des champs, l'espace vide et les montagnes ondulant doucement au loin - une composition claire évoquant l'illusion de profondeur, l'éloignement et la tranquillité de la nature dans son sommeil hivernal.