Berdyczów leży na Ukrainie, w obwodzie żytomierskim, 44 km na południe od Żytomierza, nad rzeką Hnyłopiat. Historycznie należał do ziem Wielkiego Księstwa Litewskiego, które na mocy unii lubelskiej w 1569 roku stało się częścią Rzeczypospolitej Obojga Narodów. Jeszcze w wiekach średnich, jak czytamy w Słowniku geograficznym Królestwa Polskiego i innych krajów słowiańskich, około 1430 r., Wielki Książę Świdrygiełło „nadał za zasługi całą tę bezludną pustkę nad rz. Piatem i Hujwą Kalenikowi, namiestnikowi putywelskiemu i zwinogrodzkiemu, protoplaście domu Tyszkiewiczów, który był u niego »za głowę do rady, za prawicę do wojny«”. 

W 1593 roku Berdyczów uzyskał prawa miejskie i rozwijał się jako miasto szlacheckie należące do rodu Tyszkiewiczów. W połowie XVII w. starosta żytomierski, a następnie wojewoda kijowski Janusz Tyszkiewicz jako wotum za ocalenie z niewoli tureckiej, do której trafił po wyprawie cecorskiej w latach 1626-1627, ufundował kościół oraz klasztor z wałami obronnymi i zwodzonym mostem. Legenda głosi, że przyśniła mu się zmarła matka – Zofia z Zasławskich i nakazała mu, aby wystawił „twierdzę przez żadne nigdy niedobytą wieki”. Tyszkiewicz ślubował, że tak uczyni, po czym po powrocie do kraju, 19 lipca 1630 roku w Trybunale Lubelskim poczynił zapis, zgodnie z którym oddał plac w Berdyczowie wraz z niedostępną warownią na zboczu góry od strony rzeki „z całą jego cyrkumferencyą na kościół i klasztor OO. karmelitów bosych, ze wsią Skryhylówką i z 1500 ZP dwiema ratami wypłacać się mających”. 

Cztery lata później wiosną biskup kijowski Andrzej Szołdrski położył pierwszy kamień na fundament dolnego kościoła, który miał otrzymać wezwanie Niepokalanego Poczęcia NMP, św. Michała Archanioła, Jana Chrzciciela i Ewangelisty. Po zakończeniu budowy Tyszkiewicz podarował do klasztoru XVI-wieczny obraz Matki Boskiej z Dzieciątkiem, który zasłynął jako cudowny. Sam klasztor został ufortyfikowany, obsadzony garnizonem i uzbrojony. W latach wojen z kozakami miasto zostało zniszczone, a ojcowie karmelici musieli opuścić klasztor. Zabrali ze sobą cudowny obraz i ukryli go we Lwowie. Po ich powrocie rozpoczął się wieloletni spór z krewnymi zmarłego w 1649 roku Janusza Tyszkiewicza, którzy najechali klasztor. Karmelici wkroczyli na drogę prawną i po wieloletnim procesie, w 1717 roku, udało im się uzyskać dekret trybunalski, który utrzymał zapisy fundatora oraz zobowiązał winnych napaści na klasztor do opłacenia kosztów jego odbudowy. W tym czasie właścicielem Berdyczowa był słynny pamiętnikarz, Krzysztof Adam Zawisza –- wnuk Katarzyny Konstancji z Tyszkiewiczów, córki wojewody brzeskiego Jana Eustachego Tyszkiewicza i mąż krajczanki wielkiej litewskiej –- Teresy Róży Tyszkiewicz. Wspominał w pamiętnikach, jak wyjechał „uspokoić interesa swoje z ichmość księżą karmelitanami bosemi o Berdyczów”: 

„Stanąłem dobrą arcy drogą w Berdyczowie 15 lipca [roku 1717 - przyp. ABR], w wigilią Najświętszej Panny Szkaplerznej, na święto festu zakonników tamecznych introdukowanych przez nas po ostatnich niepokojach. Zgodziłem się z ichmość księżą karmelitanami sprawiedliwie za przybyciem jksiędza prowincyała godnego i zacnego, i dziwnie wielkiej łagodności kapłana z domu Brzostowskich, a według zwyczaju zakonnego imieniem Jerzego od św. Wojciecha, który cały tydzień w Berdyczewie mieszkał. Czyniliśmy mu wygody i przysługi tak mieszkającemu jako odjeżdżającemu, według możności i kraju. Przejeżdżaliśmy się często mieszkając w Berdyczowie, to do Białopola, to do pasiek i polowaniem bawiąc się.” 

Po śmierci Krzysztofa Zawiszy w 1721 roku nadal trwała odbudowa klasztoru, a dobra berdyczowskie przeszły na własność jego córki, Barbary Franciszki. Wniosła je w posagu mężowi – księciu Mikołajowi Faustynowi Radziwiłłowi – wojewodzie nowogródzkiemu, dziedzicowi Zdzięcioła, Hłuska, Porzeczy i Kroży. Berdyczów był najważniejszym z owych nabytków, jednakże posiadłości obojga małżonków były na tyle zadłużone, a ich pożycie na tyle owocne w potomstwo, że mimo tytułów i posiadłości uchodzili za niezamożnych. Energiczna księżna Barbara wzięła na swoje barki trud oddłużenia majątku, co udało się jej osiągnąć po latach ciężkiej pracy, a w 1751 roku zapisała karmelitom dodatkowe uposażenie w postaci jurydyki berdyczowskej, z których czerpano czynsze. Dziedzicem Berdyczowa został jeden z synów pary, Udalryk Radziwiłł – człowiek wykształcony i utalentowany, niezwykle ambitny, choć nie udało mu się zdobyć ani uznania, ani urzędu, na którym mógłby się realizować. Jako dziedzic Berdyczowa bronił miasta i klasztoru przed wojskami rosyjskimi, które wkroczyły w granice Rzeczpospolitej w 1733 roku. Karmelici rozpoczęli wówczas budowę górnego kościoła, a forteca wielokrotnie była atakowana, toteż książę wypuszczał się na podjazdy, podczas których wyłapywano hajdamaków i kierowano ich do przymusowej pracy przy budowie kościoła.  

Klasztor berdyczowski w 2. poł. XVIII wieku przeżywał apogeum swojej świetności. 9 października 1751 roku biskup kijowski Kajetan Sołtyk przybył obejrzeć klasztor i fortecę, która miała służyć jako miejsce schronienia dla ludności, jak również celom obronnym. Wzrost roli religijnej klasztoru i kościoła nastąpił dzięki zakończeniu prac nad budową górnego kościoła, jego konsekracji (1754 rok) i koronacji łaskami słynącego obrazu Matki Boskiej papieskimi koronami. Jak czytamy w jednym z opisów: 

„Stanął tedy wspaniały i ozdobny przybytek N. P. Maryi, już skończony zupełnie, na fundamentach dolnego kościoła, sklepiony, z kopułą i pięknej struktury facyatą, i dwiema po bokach wieżami, stanęły też i mury zakonne, dokoła ściany twierdzy opasane warownią, ze wszech stron okazały przedstawiające widok”. 

Na sejmie w Grodnie w 1752 r. udało się wyjednać u króla Augusta III petycję do papieża Benedykta XIV o koronowanie wizerunku Matki Boskiej Berdyczowskiej. W odpowiedzi Ojciec Św. przesłał w ozdobnej trumnie ciało św. Teodora i część chorągwi św. Jerzego – patronów żołnierzy, co miało ogromne znaczenie z uwagi na obronny charakter twierdzy. Uroczystego włożenia złotych, wysadzanych szmaragdami koron ufundowanych przez Ojca Św. dokonał bp. Sołtyk w asyście biskupa unickiego Wołodkowicza w dniu 16 lipca 1756 roku. Warto dodać, że kazanie wygłosił 21-letni wówczas Ignacy Krasicki –- kanonik kijowski, późniejszy biskup warmiński. Wydarzenie to urosło do rangi święta ogólnonarodowego. Rozpoczął się ruch pielgrzymkowy do klasztoru. 28 sierpnia 1759 roku odbyła się uroczystość przeniesienia zwłok fundatora – wojewody Janusza Tyszkiewicza do klasztoru berdyczowskiego. Mowę wygłosił wówczas Kazimierz Chojecki – przedostatni komendant fortecy, którą dowodził do 1764 roku.  

U schyłku XVIII wieku kościół i klasztor był niezdobytą warownią, otoczoną potężnym wałem, uzbrojoną w 60 armat rozlokowanych na bastionach, z mostem zwodzonym. W czasach konfederacji, po klęsce pod Żytomierzem, niektórzy konfederaci udali się do Baru, zaś ich dowódca, Kazimierz Puławski, przyjechał do Berdyczowa. Poprosił przeora o wpuszczenie do twierdzy i uzyskał zgodę na wprowadzenie doń 700 konfederatów i 800 cywilów – mieszkańców Berdyczowa. Przez 17 dni, od 28 maja do 14 czerwca 1768 r., odpierali ataki wojsk carskich – jak czytamy w źródłach, „w którym czasie aż trzy szturmy przypuszczono do twierdzy, zasypując gradem kul klasztór i kościół”. Z odsieczą spieszył Stanisław Kostka Ortyński, który brał udział w konfederacji barskiej jako regimentarz chorągwi koronnych i oddziałów szlachty ukraińskiej, lecz poniósł klęskę i ranny trafił do niewoli pod Koziatynem. Pomoc nie nadeszła, a Puławski – wobec braku żywności i prochu – zgodził się poddać twierdzę rosyjskim wojskom pod dowództwem generała Michała Kreczetnikowa. Szczegółowy opis obrony konfederatów w fortecy berdyczowskiej opisał bezpośredni świadek tej obrony o. Bruno Ignacy w notatce zatytułowanej Pamiątka nadzwyczajnego zdarzenia w klasztorze Berdyczowskim praktykowanego 1768 roku zamieszczonej po łacinie w księdze akt kapituły klasztornej (przedrukowanej w „Czasie”, t. VII, 1857). Autor opisał przebieg oblężenia i jego zakończenie, gdy Puławki „nie bez łez gorzkich […] pojechał do Jenerała dla uczynienia układów”, a także podał, liczbę ofiar po stronie obrońców: „Jeden drzewem lecącem z muru, które na nieprzyjaciela miało być rzucone, drugi murem przywalony, trzeci kulą armatnią zabity, czwarty przez ciekawość z okien fortecy patrzący, gdy mu taż kulą rękę urwała; w niedostatku dobrego chirurga umarł; trzech kulami z ręcznej broni ubici, gdy śmiało stali przy oknach fortecy, trzech razem za fortecę wybiegłszy; a tak wszystkich dziesięciu, których ciała wraz z innemi trzema przywiezionemi dnia 28 z obozów, ostatniego dnia powszechnego zmartwychwstania w tym kościele czekają”. Warto dodać, że z klasztorem w Berdyczowie był także związany Marek Jandołowicz, karmelita i duchowy przywódca konfederacji barskiej, upamiętniony przez Juliusza Słowackiego w dramacie Ksiądz Marek (1843).  

Pod koniec XVIII stulecia dzięki staraniom wpływowych Radziwiłłów Berdyczów przeżywał okres rozkwitu. W 1765 roku na mocy królewskiego przywileju miasto mogło organizować aż 10 jarmarków w roku, na których handlowano m.in. końmi, woskiem, skórami zwierzęcymi czy bydłem, zaś z zagranicy sprowadzano kosztowne tkaniny. Berdyczów stał się centrum handlu międzynarodowego –- zjeżdżali tu kilka razy w roku kupcy z Austrii, Prus, Rosji i całej Rzeczpospolitej. Wielki udział w rozwoju handlu mieli ojcowie karmelici, którzy ufundowali murowane sklepy w mieście, zaś dziedzic miasta, Mateusz Radziwiłł, syn Uldaryka, wydał w latach 1794-1795 rozporządzenia regulujące handel żydowski. Pod koniec stulecia handel nieco wyhamował, a w 1770 roku przez Berdyczów przetoczyła się epidemia dżumy, która pustoszyła Podole i Wołyń i wielu karmelitów zmarło, niosąc duchową posługę chorującym mieszkańcom. Ponowny rozkwit nastąpił w czasach wojen napoleońskich, gdy windowano ceny zboża, a kupcy bogacili się na towarach zbytkownych. 

Z końcem XVIII wieku zaczęła także działać Drukarnia Karmelu Fortecy Najświętszej Maryi Panny na podstawie uzyskanego przywileju króla Augusta III z dnia 14 stycznia 1758 roku. Najstarsze wydanie pochodzi z 1760 r., a drukarnia berdyczowska niebagatelnie przyczyniła się do rozwoju kultury i oświaty na wschodnich kresach Polski. Wydano w niej ponad 800 pozycji książkowych, w tym ksiąg do nabożeństwa, mów, kazań, rozpraw teologicznych i historycznych, powieści i poezji, broszur politycznych i druków okolicznościowych. Do najpopularniejszych należał „Kalendarz Gospodarski” zwany Berdyczowskim drukowany w nakładzie 40 tys. przez ponad sto lat. Dochód z niego służył utrzymaniu klasztornych szkół, dla których również wydawano materiały i pomoce do nauki. W 1777 roku ojcowie karmelici wydali na przykład pierwszą polską encyklopedię dla dzieci i młodzieży – Krótkie zebranie zarzutów ciekawych o rzeczach tego świata pod, zmysły nam podpadających i je zadziwiających ku pożytkowi młodzi zwięzłemi odpowiedziami ułatwione autorstwa Józefa Iwanickiego. W 1840 roku drukarnia została przeniesiona do Żytomierza. Warto dodać, że drukarnia miała własnych rytowników, wśród których wyróżniał się Teodor Rakowiecki, który pracował dla karmelitów przez wiele lat, wykonując liczne ryciny i miedzioryty. Jego talent docenił sam król Stanisław August Poniatowski, mianując Rakowieckiego w 1771 roku dworzaninem oraz sztycharzem koronnym.  

W 1781 roku w Berdyczowie gościły również koronowane głowy. Księżna Eleonora z Kamieńskich Radziwiłłowa, matka Uldaryka, podejmowała wówczas jeszcze Wielkiego Księcia, a przyszłego cara Pawła I, który podróżował pod nazwiskiem hrabiego du Nord z małżonką, Marią Fiodorowną. Goście zwiedzili klasztor i fortecę. Król Stanisław August Poniatowski gościł tu z kolei dwukrotnie – jesienią 1781 roku, podczas powrotu z Kamieńca, a później wiosną 1787 roku, po drodze do Kaniowa. Także oglądał fortecę i dziwił się jej niedostatkom. Kilka lat później załoga twierdzy została wcielona do regularnego wojska z rozkazu ks. Józefa Poniatowskiego. Po 1793 roku Berdyczów wskutek II rozbioru Polski włączono do Rosji, w 1844 roku stał się miastem powiatowym. Działał tu już wówczas założony w roku 1837 Związek Ludu Polskiego.  

W połowie XIX w. miasto i sanktuarium były świadkami różnych wydarzeń. 15 marca 1850 roku odbył się tu ślub Eweliny Hańskiej, dziedziczki Wierzchowni ze słynnym pisarzem –- Honoriuszem de Balzakiem. Z kolei 6 czerwca 1857 roku miała miejsce rekoronacja cudownego obrazu Matki Boskiej Berdyczowskiej przez biskupa łucko-żytomierskiego, Kacpra Borowskiego – niestety wcześniej nałożone korony zostały skradzione. Carskie władze nie zezwoliły na zorganizowanie procesji. Po powstaniu styczniowym w 1863 roku nastąpiła kasacja klasztoru, a w budynku ulokowano sąd. W tym okresie Berdyczów należał do księżnej Marceliny Czartoryskiej z Radziwiłłów i hrabiny Marii Tyszkiewiczowej z Radziwiłłów.  

Na początku XX w. w klasztorze urzędowały wojsko, policja czy straż pożarna. W czasach wojny polsko-bolszewickiej klasztor ponownie był oblegany, znajdował się tu szpital urządzony przez polskich żołnierzy. W sierpniu 1920 roku armia Budionnego zajęła Berdyczów – szpital, w którym znajdowało się ponad 600 rannych żołnierzy i personel medyczny spalono, zaś kościół i klasztor złupiono i zdewastowano. W okresie międzywojnia bolszewicy w dolnym kościele otworzyli kino, zaś w górnym – muzeum ateizmu. Klasztor przez pewien czas był siedzibą NKWD, a część zabudowań przeznaczono na więzienie. W trakcie II wojny światowej przebywali tu polscy więźniowie polityczni z lwowskich Brygidek, którym udało się zbiec w czasie wkraczania na te tereny wojsk niemieckich. Klasztor i kościół zostały spalone albo przez atakujący Wehrmacht albo też wycofujących się sowietów.  

W 1958 roku władze ZSRR rozpoczęły odbudowę sanktuarium, lecz nie zamierzano zwrócić go karmelitom – umieszczono tu szkołę muzyczną i plastyczną, a w dolnym kościele urządzono salę gimnastyczną. Po 1991 roku władze zwróciły zrujnowany kościół wiernym, bracia powrócili do klasztoru i rozpoczęto prace remontowe. Jeszcze przed II wojną światową obraz Matki Boskiej Berdyczowskiej zaginął w niejasnych okolicznościach – ponoć ktoś go ukrył z troski o bezpieczeństwo, podmieniając na kopię i do tej pory nie został zwrócony. Kopia ta została poświęcona przez Ojca Świętego, Jana Pawła II, w trakcie pielgrzymki do Polski w 1997 roku, w Krakowie. 19 lipca 1998 odbyła się uroczystość rekoronacji wizerunków Maryi i Dzieciątka przez ordynariusza żytomierskiego, ks. bpa Jana Purwińskiego. Uroczystość przyciągnęła tysiące pielgrzymów z różnych krajów. Msza św. została odprawiona po polsku, ukraińsku i angielsku przy ołtarzu polowym ustawionym przed ruinami kościoła, w uroczystości wzięli udział liczni duchowni, przedstawiciele władz różnych szczebli oraz dyplomaci.  

Po 2000 roku roku fundusze na remont sanktuarium w Berdyczowie płynęły także z Polski: w 2007 oraz w latach 2009-2012 przekazało je Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego. 3 grudnia 2008 roku w dolnym kościele berdyczowskiego sanktuarium odbyła się uroczystość inauguracji Muzeum Josepha Conrada-Korzeniowskiego w Berdyczowie. W tym celu remontowano jedno ze skrzydeł klasztoru ze środków Ministerstwa Kultury i Dziedzictwa Narodowego. Lokalizacja muzeum i data jego inauguracji są nieprzypadkowe, gdyż Józef Teodor Konrad Korzeniowski, znany lepiej jako Joseph Conrad, przyszedł na świat 3 grudnia 1857 roku właśnie Berdyczowie, jako syn Ewy z Bobrowskich i Apollona Korzeniowskiego herbu Nałęcz.  

W 2015 roku wielkim wydarzeniem było święto Matki Bożej Szkaplerznej (16 lipca), które ściągnęło wielu pielgrzymów, wzięli w nim udział również dyplomaci z Polski, Rumunii, Japonii, a także władze ukraińskie. Na placu przed zabytkową bramą wjazdową do sanktuarium odsłonięto pomnik Jana Pawła II. Cztery lata wcześniej episkopat Ukrainy ogłosił zespół klasztorny sanktuarium narodowym Ukrainy.