W nocy z 19/20 czerwca 1944 r. grupa partyzantów z 5 brygady Armii Krajowej dokonała rekwizycji żywności dla oddziału w majątku Glinciszki. Majątek stanowił własność niemiecką, pracowali w nim Polacy, a dyrektorem był Władysław Komar - ziemianin z Litwy Kowieńskiej. W czasie pobierania żywności, na teren folwarku wkroczył oddział ochotników litewskich, popularnie zwanych szaulisami, stacjonujący w miasteczku Podbrzezie. Wywiązała się walka, w wyniku której Litwini zostali odparci. 4 spośród nich zginęło podczas walki. Następnego dnia przybyła do Glinciszek karna ekspedycja litewska: domy pracowników majątku zostały otoczone, wypędzono mieszkańców, rozstrzelano 38 bezbronnych osób. Były wśród nich ciężarne kobiety, dzieci (w wieku od 3 do 18 lat) i starcy. Ofiary pogrzebano prowizorycznie we wspólnym grobie w pobliżu majątku.

W kilka dni później przybyła na miejsce masakry policja niemiecka i po przeprowadzeniu dochodzenia nakazała ekshumację zamordowanych. Zwłoki umieszczono w trumnach i pochowano nieopodal drogi do Podbrzezia, na dawnym cmentarzu żołnierzy niemieckich z I wojny światowej, którzy zostali ekshumowani w 20-leciu międzywojennym.

Cmentarzyk ten nigdy nie został zapomniany. Początkowo był prowizorycznie upamiętniony przez miejscową ludność. W latach 80. XX wieku, ustawiono na nim głaz z rosyjską tabliczką inskrypcyjną. Następnie Rada Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa opracowała koncepcję nowego wyglądu cmentarzyka, którą zrealizowano w 1999 r.

W centrum cmentarzyka stanął czarny marmurowy pomniczek z wizerunkiem Matki Boskiej Ostrobramskiej, inskrypcją w językach polskim i litewskim oraz wykazem nazwisk. Nad tablicami umieszczono duży betonowy krzyż. Krzyże stanęły też na grobach wszystkich zamordowanych, po obu stronach upamiętnienia głównego - po lewej stronie jest 17 krzyży, po prawej - 21. Całość ogrodzona jest murkiem z kamienia polnego. Od frontu postawiono ogrodzenie metalowe na betonowych słupkach.

Inskrypcja w języku polskim: "TU SPOCZYWAJĄ POLACY MIESZKAŃCY GLINCISZEK ZAMORDOWANI 20 CZERWCA 1944 ICH PAMIĘCI TABLICĘ TĘ POŚWIĘCAJĄ RODACY".

Inskrypcja w języku litewskim: "ČIA ILSISI LENKAIGYVENĘ GLITIŠKESENUŽUDYTI 1944 M. BIRŽELIO 20 D.PAGERBDAMI JU ATMINIMĄ AUKOJA TAUTIEČ IAI".