L'église, dédiée à la Vierge Marie, a été construite entre 1672 et 1703, selon les plans de Francesco Corazzi (ou François Corossini, originaire d'Avignon). Le 14 mai 1673, le futur Grand Hetman de la Couronne et Castellan de Cracovie, Józef Potocki, a été baptisé dans la Collégiale de Stanislaw. Après 1737, l'église a été agrandie.

Il est significatif que l'église ait servi de sanctuaire à la famille Potocki, puisque des personnages tels que Stanisław Potocki et Andrzej Potocki y reposent. Après la Seconde Guerre mondiale, le bâtiment a été transformé en entrepôts et en ateliers de menuiserie et de serrurerie, et depuis 1979, il abrite un musée d'art, axé principalement sur les peintures sacrées. Dans le roman Pan Wołodyjowski, un service commémoratif a été organisé ici après la mort de Michał Wołodyjowski.

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