En 2003, les travaux de conservation ont commencé à l'église St Louis. La conservation de la peinture à l'huile de l'autel principal, qui s'est déroulée de 2003 à 2005 sous la direction de Jozef Steciński, a été une entreprise extrêmement difficile. Le doyen et curé de l'église St Ludwig, Monseigneur Jozef Lapkowski (Jazeps Lapkovskis) (1920-2005), qui avait rendu de grands services à Kraslaw, y travaillait depuis des années. L'organisation du projet a été confiée au Centre pour le patrimoine culturel polonais à l'étranger de l'association "Communauté polonaise". Les travaux à l'église St Ludwig ont été réalisés en consultation avec l'Inspection d'État lettone pour la protection du patrimoine culturel (Valsts kulturas pieminekl u aizsardzibas inspekcija), avec l'assistance de l'ambassade de Pologne à Riga, ainsi qu'avec le curé et le conseil paroissial et les autorités de la ville de Kraslaw.

La conservation de la toile géante Saint Louis partant en croisade (sans cadre, le tableau mesure 695 x 328 cm) a été financée par le Sénat de la République de Pologne et le ministère de la culture et du patrimoine national. Les travaux de conservation entamés en 2003, réalisés par une équipe de restaurateurs sous la direction de Steciński, et précédés de rapports d'experts et de tests chimiques et microbiologiques, ont confirmé l'urgence d'une intervention spécialisée, qui avait été signalée auparavant par les dommages causés à la couche picturale, à la toile et au cadre par les dégâts de la Seconde Guerre mondiale, le climat humide et la ventilation inadéquate de l'église.

La conservation du cadre historique a été réalisée par Jozef Stecinski avec des fonds fournis par l'Inspection nationale lettone pour la protection du patrimoine culturel. Grâce aux fonds fournis par la partie lettone, le conservateur d'art Kristīne Širvinskas a restauré la peinture murale de Castaldi, qui avait été découverte sur le mur d'enceinte du presbytère. Sur décision des autorités ecclésiastiques, la peinture à l'huile représentant Saint Louis partant en croisade a été déplacée sur le mur sud du presbytère. La fresque de Castaldi est exposée dans le maître-autel. Les restaurateurs ont également examiné les peintures des autels latéraux. Des traces de peintures murales y ont également été découvertes.

Le père Łapkowski est décédé peu avant l'achèvement de la conservation de la peinture "d'après une esquisse" de Jan Matejko. Après sa mort, le sanctuaire historique et la paroisse Saint-Louis de Kraslaw ont été pris en charge par le père Martins Kluss, dont les fonctions pastorales ont été reprises par le père Edward Voroneckis (Eduards Voroneckis) en janvier 2006.

La coopération avec la paroisse St Ludwig, qui a été poursuivie par le ministère de la Culture et du Patrimoine national, a permis la découverte d'autres peintures de Castaldi et la conservation complète de l'autel principal, qui a été réalisée par une équipe polono-lettone de restaurateurs dirigée par Tomasz Dziuravec et, du côté letton, par Dmitrijs Laščetko. Le financement du projet a été assuré par des fonds du programme du ministère de la culture et du patrimoine national.

Grâce au soutien et à l'engagement de nombreuses personnes et institutions des deux pays, il a été possible de restaurer l'un des plus beaux et des plus précieux monuments du patrimoine culturel commun polono-lattonien, dans le cadre d'un projet qui a duré 12 ans, commencé en 2003 et achevé cérémonieusement en 2015. Le projet a été rendu possible grâce au soutien du ministère de la culture de la République de Pologne, du ministère de la culture de la République de Lettonie, de l'ambassade de la République de Pologne en République de Lettonie, de l'inspection d'État lettone pour la protection du patrimoine culturel, du Fonds d'État letton pour le soutien culturel, de l'association "Communauté polonaise", de l'évêque Jānis Bulis du diocèse de Rezekneńsko-Aglońska, des prêtres de l'église St. Ludwik à Krasław, des autorités locales et de l'étroite coopération des conservateurs polonais et lettons.