W latach 1910-1915 studiował w Wiedniu filozofię, architekturę i agronomię. Nigdy nie studiował malarstwa, miał samorodny talent wyszkolony w domu przez ojca. W okresie 1917-1939 mieszkał w Zakopanem, gdzie należał do miejscowej elity artystyczno-intelektualnej skupionej wokół Stanisława Ignacego Witkiewicza i Karola Szymanowskiego. Był członkiem Towarzystwa Sztuka Podhalańska, Stowarzyszenia Artystów Polskich Rytm, współpracował w Firmie Portretowej z Witkacym, sam prowadził Firmę Pejzażową. Działał jako taternik i propagator Tatr i narciarstwa; wydał książki: „Narkotyk gór” (1928), „Tatry i Podhale” (1935).

W okresie międzywojnia Malczewski był malarzem cenionym i nagradzanym w kraju i poza granicami. Po raz pierwszy eksponował swoje prace, wspólnie z Witkacym, w 1924 r. w warszawskim Salonie Czesława Garlińskiego. Brał udział w licznych wystawach w kraju i w prezentacjach polskiej sztuki za granicą, organizowanych przez Towarzystwo Szerzenia Sztuki Polskiej wśród Obcych i w wystawach międzynarodowych w Pradze i Helsinkach (1929), Wiedniu (1928), Paryżu (1928, 1937), Brukseli i Hadze (1929), Budapeszcie i Kopenhadze (1930), Wenecji (XIII Biennale), Los Angeles (1932), Moskwie, Edynburgu, San Francisco, Nowym Jorku (1933). Wystawiał też ze Stowarzyszeniem Artystów Plastyków Rytm, do którego należał od 1932 r. W 1933 r. otrzymał nagrodę plastyczną miasta Zakopanego za obraz „Morskie Oko”. Gdy w 1936 r. zdobył złoty medal na wystawie olimpijskiej w Berlinie, zaproponowano mu zakup cyklu 60 obrazów. Artysta za swoje prace nagrodzony został złotym medalem na Międzynarodowej Wystawie Sztuki i Techniki w Paryżu w 1937 r. i złotym wawrzynem Polskiej Akademii Literatury w 1937 r.

Malarstwo Rafała Malczewskiego określano najpierw jako nadrealistyczne, prymitywizujące, potem, wraz z nowymi poszukiwaniami artysty, pisano o swoistym realizmie, by przyznać, że Malczewski wkroczył na drogę bardzo odrębną, interesującą i na swój sposób bliską późniejszym pracom niemieckich ekspresjonistów. Z jednej strony malarz eksplorował w swojej twórczości pejzaż gór i był niewątpliwym mistrzem tego motywu, z drugiej, odkrył jeżdżąc na Śląsk pejzaż industrialny, który w jego ujęciu, przepojony melancholią, stał się odrębnym gatunkiem w polskim malarstwie i nazwany - przemysłowym pejzażem magicznym. Zarówno śnieżnobiałe pejzaże Tatr, jak industrialny, czarny Śląsk, przedstawiane przez Malczewskiego w stylizacji przepojonej atmosferą dziwnej pustki i nostalgii, należały do malarstwa metafizycznego.

Z jednej strony artysta nie rezygnował z realistycznej metody obrazowania, z drugiej zabieg uproszczenia formalnego powodował, że przedstawiany pejzaż, bądź wnętrze, stawały się prawie abstrakcyjną wizją sprawiającą niesamowite, zaskakujące wrażenie bycia nierealnym i realnym jednocześnie. Te cechy prac Malczewskiego pozwalają go wiązać z nurtem realizmu magicznego popularnym z latach dwudziestych w Niemczech. Stacyjki kolejowe Śląska, parowozy, wagony stojące na peronie, które artysta wprowadził do malarstwa, powróciły do niego w powojennym etapie życia na emigracji w Kanadzie.

Wojna wyrwała artystę z jego kontekstu i skazała na tułaczkę. Przez Francję, Portugalię, Brazylię, gdzie spędził dwa lata, Stany Zjednoczone, w listopadzie 1942 r., Malczewski wraz żoną dotarli do Kanady. Dzięki wstawiennictwu Wiktora Podoskiego, posła RP w Ottawie, artysta otrzymał zamówienie z Canadian National Railways i Canadian Pacific Railways, w ramach którego, w latach 1943-1946 przemierzał Kanadę pociągami malując krajobrazy i małe stacyjki. CNR przygotowało w Ottawie, Montrealu, Toronto, Vancouver i Winnipeg wystawy prac Malczewskiego, nazwane - „Canadian Vision”, jak również wykorzystało prace do dekoracji wnętrz wagonów i stacji oraz do reklamy.

Rok 1943 przyniósł artyście dwie indywidualne wystawy w Ottawie, na których pokazał oleje powstałe w Brazylii i akwarele kanadyjskie, co spotkało się z pozytywnym przyjęciem kanadyjskich recenzentów sztuki („The Ottawa Citizen”, „The Gazette”). W 1944 r. Malczewski miał wystawę w Concoran Gallery w Waszyngtonie. W 1945 r. malarz wziął udział w zbiorowej wystawie Canadian Art w Grand Central Gallery w Nowym Jorku, miał wystawę indywidualną w Parizeau Gallery w Montrealu oraz prace jego pokazane zostały na Polish Exhibition w Detroit Institute of Art.

Malczewski pisał felietony do londyńskich „Wiadomości” i do Radia Wolna Europa, udzielał się w Polskim Instytucie Naukowym w Montrealu wygłaszając pogadanki o sztuce, na temat twórczości ojca - Jacka Malczewskiego i wspomnień z dzieciństwa, jednak wszystkie te aktywności nie zapewniały artyście bytu. Współpraca z cenioną w Montrealu Dominion Gallery, prowadzoną przez Maxa Sterna, była prestiżowo ważna dla artysty, ale udane wernisaże i dobre recenzje w prasie nie przekładały się na sprzedaż obrazów. Wyjechał do Nowego Jorku z nadzieją, że łatwiej mu tam będzie żyć, ale powrócił do Montrealu pod koniec 1950 r. Był w złym stanie nerwowym i zaczął tracić wzrok.

Z inicjatywy Jana Lechonia, w Nowym Jorku zorganizowano wieczór przyjaźni Rafała Malczewskiego, a uzyskane pieniądze pozwoliły mu funkcjonować przez pewien czas. W 1955 r. artysta wstąpił do założonego w Montrealu Polskiego Klubu Zdobniczego. W marcu 1956 r. doznał udaru mózgu i paraliżu lewej ręki, którą malował. Powoli wracał do zdrowia i nauczył się malować prawą ręką. Akwarele powstałe po wylewie, zaledwie delikatnie dotknięte rozwodnioną farbą, utrzymane są w charakterystycznym dla Malczewskiego realistycznym malarstwie z cechami uproszczenia formalnego.

W Toronto odbył się wieczór poświęcony twórczości Rafała Malczewskiego z losowaniem jego obrazów, z którego dochód został przeznaczony na pomoc choremu artyście. Również w Montrealu, w Polskim Instytucie Naukowym, zorganizowano wieczór „Malczewscy - ojciec i syn”, z którego dochód przekazano artyście. W czerwcu 1959 r. w Vancouver zorganizowano wystawę akwarel Malczewskiego. W tym samym roku artysta, na koszt konsulatu generalnego w Montrealu i rządu polskiego, wyjechał do Polski, gdzie Muzeum Narodowe w Warszawie planowało wystawę jego prac. Artysta nie zgodził się na wystawę, złożył do wydawnictwa dwa rękopisy książek - „Pępek świata. Wspomnienia o Zakopanem” (wyszły w Czytelniku w 1960 r.) i „Późna jesień” (wyszła dopiero w Londynie w 1964 r.). Malczewscy nie przyjęli propozycji pozostania w kraju. Powrócili we wrześniu 1959 r. do Kanady. Swoje frustracje związane z podróżą do ojczyzny artysta opisał w tekstach „Podróż Kulawca do Polski” i „Z notatnika. Wspomnienia z pobytu w Polsce w lecie 1959 roku”.

W 1962 r. „Kultura” paryska przyznała Malczewskiemu doroczną nagrodę za twórczość malarską. W 1964 r., w Dominion Gallery w Montrealu, odbyła się ostatnia za życia Malczewskiego wystawa jego prac: „W większości akwarele, poetyckie i delikatne, ze śniegiem lub w kolorach jesieni, prezentują kanadyjskie pejzaże i góry. Namalowane są znakomicie” („The Gazette”). Artysta nie był obecny na wernisażu. Zmarł w lutym 1965 r. W listopadzie, w montrealskim PIN przygotowano wieczór pamięci Rafała Malczewskiego. Aleksander Janta wygłosił esej „Rafał, którego nie znamy”, wyświetlono przezrocza obrazów Malczewskiego. Wiele akwarel, malowanych w kanadyjskim etapie życia, rozproszonych jest w polskich domach w Montrealu, w całej Kanadzie i Stanach Zjednoczonych (liczba ich szacowana jest na ok. 1000 wg D. Folgi-Januszewskiej). Prace Malczewskiego są w kolekcjach Gubernatora Generalnego Kanady, rodziny prezydenta Eisenhowera, National Gallery w Waszyngtonie D.C., zbiorach Canadian National Railway. Dużą kolekcję międzywojennych prac artysty posiada w swoich zbiorach Muzeum Narodowe w Warszawie oraz Muzeum im. Jacka Malczewskiego w Radomiu.

Praca w katalogu
Rafał Malczewski, „Eastern Townships”, 1955, akwarela, z prawej strony na dole napis: [Zofia i Rafał Malczewscy, Kochanemu Solenizantowi Stanisławowi Petrusewiczowi Rafał Malczewski, Montreal 8 maj 1955], 58,5 x 40,5 cm, w kolekcji Haliny Babińskiej w Montrealu. Pejzaż podmontrealski prowincji Eastern Townships: puste pola z prostokątem czarnoziemu, w oddali błękitne góry, bezlistne drzewa i krzaki o delikatnie zarysowanych konarach. Całość w tonacji brunatnej, fioletowej i błękitnej. Typowe dla Rafała Malczewskiego uproszczenie krajobrazu. Poziome linie pól, pusta przestrzeń i łagodnie falujące w oddali góry - to klarowna kompozycja wywołująca iluzję głębi, oddalenia, spokoju natury podczas zimowego snu.