Шедевр європейського модерну та один з найбільших наборів вітражів у сучасному світовому мистецтві. У 1895 році молодий і невідомий за межами Кракова проект Мехоффера (коробка вітражів "Апостоли") переміг у міжнародному конкурсі, на який було подано 47 проектів. До 1934 року вітражі Мехоффера заповнили решту великих вікон бічних нефів і пресвітерії (загалом 13 вікон), створивши унікальний у сучасному мистецтві ансамбль оздоблення готичного собору. Надіслати свій проект до Фрайбурга художника заохотив Тадеуш Стриєнський, з яким він співпрацював над оздобленням костелу Святої Марії у Кракові і який знав про конкурс завдяки своїм родинним зв'язкам у Фрайбурзі.

Вітражі заповнюють більшість великих вікон собору (за винятком верхнього поверху та каплиці Гробу Господнього), визначаючи його програму та естетичну цінність інтер'єру. Водночас вони демонструють еволюцію творчості Мегоффера: від декоративних візерунків його майстра Яна Матейка в поліхромії костелу Святої Марії в Кракові, через пишний стиль модерн, до майже експресіоністичних сцен. Окрім релігійних зображень (найкращими з яких є сцени з вітража "Мученики": зі свв. Себастьяном, Морісом, Варварою та Катериною, 1899 р., нагороджені на Всесвітній виставці в Парижі 1900 р.; "Три царі з пекельною "пределою" Ірода", 1904 р.), іконографія відсилає до швейцарської історії та подій заснування Конфедерації в пізньому середньовіччі, підкреслюючи значення самого Фрайбурга ("Битва при Мораті", сцени з життя бл. Миколая з Флю, "Фрайбург світський, Фрайбург церковний"). Найбільш ранніми з усього ансамблю є великі вікна вівтаря, спроектовані в 1918 р. і реалізовані до 1934 р. Художник зміг скористатися консультаціями членів журі, а також порадами і підтримкою, наданими в наступні роки, зокрема, домініканцем отцем Йоахімом Бертьє, професором, призначеним безпосередньо перед оголошенням конкурсу Фрайбурзьким університетом, або одним з найвідоміших художніх критиків Швейцарії Вільямом Ріттером.

Мехоффер сміливо порушив багато правил, що діяли у вітражах 19 століття, наприклад, динамізувавши свої композиції, він дозволив сценам або фігурам "переходити" з однієї секції в іншу, або навіть з одного вікна на площину сусіднього вікна. Композиційні концепції також змінювалися, що робить ціле не монотонним, ми маємо справу з живою живописною історією.

Мехоффер виготовив ескізи в масштабі 1:5 (більшість з них збереглися), а потім виконавчі аркуші в масштабі 1:1 (всі збереглися). Вітражі були виготовлені в ательє Кірш-Флекнера у Фрайбурзі, яке стало відомим завдяки цій роботі; деякі вікна були виготовлені під особистим наглядом художника. Вони вплинули на швейцарське декоративне мистецтво, особливо на вітражі Александра Цінгріа. Їх цінував, зокрема, найвидатніший швейцарський художник Фердинанд Ходлер, який у деяких своїх вітражах на історичні сюжети явно надихався живописними роботами Мехоффера.

Критик Марк де Маннінк писав: "Цю роботу можна звинуватити лише в одному - в тому, що вона надто потужна. Її якості настільки виразні, вона зачіпає такі тонкі струни в наших душах, вона пробуджує резонанси, настільки сповнені життєвої сили (...), що стає боляче".

Популярність робіт Мехоффера принесла йому ще кілька менших приватних замовлень у регіоні, зокрема для церкви в Онненсі (1902-1906) та замкової каплиці в Шеналейрі (1908). Дослідження ансамблю вітражів Фрайбурга проводилися у Швейцарському вітроцентрі в Ромоні.