Заснована на базі наукових курсів, які відвідували 42 юнаки у 1915 році. Ініціатором заснування був Казімєж Масієвський, випускник Петроградського університету. У квітні 1918 року школа перейшла у власність Польського учительського товариства. Після закінчення війни школу очолив Зиґмунт Федорович. Гімназія була націоналізована 1 січня 1920 року.

. Листом від 21 червня 1938 року Міністерство релігійних культів і народної просвіти наказало ліквідувати Державну гімназію імені Йоахіма Лелевеля у Вільнюсі з 30 червня 1938 року.