У 1387 році Владислав Йогайла заснував у Вільнюсі перший парафіяльний костел Святого Івана Хрестителя. Назва костелу була не випадковою, а прямим нагадуванням про місіонерські завдання священиків, які там служили. Будівля була зведена неподалік від замку і кафедрального собору, який будувався в той же час, на площі, яка спочатку слугувала торговим центром. Через площу перед костелом Івана Хрестителя перетиналися торгові шляхи. Зростання міста призвело до того, що центр дуже швидко перемістився на південь, на територію нинішньої ринкової площі з ратушею.

Найстарішою частиною костелу є багатокутний закритий пресвітерій, який, можливо, був збудований ще наприкінці 14 ст. На наступному етапі, до 1427 р., був зведений тринефний безбаштовий зал, який був освячений у 1427 році. У другій половині 15 століття вівтарну частину костелу знесли, щоб побудувати нову, довшу, із залом. В результаті вийшла монументальна споруда значних розмірів, яка з гордістю свідчила про фінансові можливості мешканців Вільнюса. Після того, як ситуація з тевтонськими лицарями стабілізувалася, судноплавні литовські річки були звільнені. Завдяки своєму розташуванню Литва змогла задовольнити зовнішній попит на зерно, деревину, дьоготь та інші лісові продукти.

Єзуїти

Нову главу в історію костелу Іоанна Хрестителя внесла рання Контрреформація, коли Валеріан Протасевич, єпископ Вільнюський, бажаючи протидіяти сильним протестантським течіям у Вільнюсі, в 1569 році привів сюди єзуїтів, для яких місто православних храмів і костелів було плацдармом для подальшого походу на Схід. Ченці отримали під опіку костел Святого Івана Хрестителя, який став центром конгрегаційного життя у Великому князівстві Литовському (передача була затверджена Сигізмундом Августом у 1571 році). Храм було відреставровано, а між готичними уступами почали будувати каплиці, переважно надгробні, а також каплиці, пов'язані з міськими гільдіями (зокрема, каплиця Святої Варвари віленських золотих справ майстрів). У 1570 році єзуїти організували при храмі колегіум, який Стефан Баторій дев'ять років потому перетворив на Академію. Вона стала попередницею сьогоднішнього Вільнюського університету, одного з найстаріших у цій частині Європи.

Першим ректором Віленської академії лише кілька місяців був Якуб Вуєк, перекладач Біблії польською мовою, якого невдовзі змінив відомий проповідник Петро Скарга, який став справжнім організатором університету. На початку 17 століття ще один єзуїт, архітектор-аматор Павло Бокша, спроектував перший сучасний фасад костелу св. Івана Хрестителя, а керував роботами ще один монах, Ян Франкевич.

Перлина рококо

Наступні значні зміни були пов'язані з серією пожеж у Вільнюсі в першій половині 18 століття, після яких єзуїти доручили Йогану Крістофу Глаубіцу відбудувати костел. Працюючи над реалізацією у 1840-60-х роках, архітектор надав готичній монументальній споруді справді бароково-рококової форми, що має високу художню цінність. Увагу було приділено обом висотам, з подвір'я Академії та з Замкової вулиці. Першому надали двоповерхової, колонної, динамічної та світлотіньової структури, а другому - легкої, піднесеної, з декором у стилі рококо, яку можна побачити на багатьох видах з різних місць Вільнюса. Окремо стояча дзвіниця (68 м), перебудована Глаубіцем після 1737 року, виконує таку ж важливу функцію в міському ландшафті. Це п'ятиповерхова, квадратна в плані будівля з оглядовою терасою, що датується першою чвертю 17 століття.

Глаубіц також спроектував складне декорування фону вівтаря і притвору, що складається з десяти мурованих і мармурових вівтарів з ліпними фігурами і більше, встановлених в тілі церкви (зруйновані в 1827 році, фігури перенесені на консолі біля колон нефа). Вони були створені між 1744 і 1745 рр. Перед архітектором стояло складне завдання, оскільки художня форма повинна була виразити зміст покликання костелу, культ статуї Матері Божої Лоретто і функцію монастирського храму - єзуїтського і академічного, але також і парафіяльного. Тому архітектор запропонував два кільця ажурних вівтарів, які з'єднав неспокійною лінією, і вплів в їх структуру діагонально поставлені колони на тлі пілястр, які посадив на міцні, опуклі плінфи. По осі їх фланкували вівтар Богоматері Лоретто і головний вівтар, де були розміщені фігури святих Іоаннів. В обох випадках ліпний декор вівтарів переходить у склепіння (Дім Лоретто, Свята Трійця в хмарах).

Храм був закритий після Другої світової війни. Сьогодні він виконує подвійну роль: це і музей, і місце поклоніння, пов'язане з академічною спільнотою Вільнюського університету.