Le 28 octobre 1989, l'église a été remise à la communauté des fidèles et consacrée par le père Rafał Władysław Kiernicki. Le nettoyage de l'église et les travaux de réparation et de restauration ont commencé.

Dans les années 1990-1992, la Fondation polonaise pour la culture a participé aux travaux, effectuant notamment des réparations et une partie des travaux de remplacement de la charpente du toit. L'armée polonaise et la municipalité de Cracovie ont financé l'achat de feuilles de cuivre pour la couverture. En 1991, l'église paroissiale de Zhovkva s'est enrichie d'une cloche coulée dans l'atelier de Jan Felczyński à Przemyśl, financée par Adam Ważny, et deux ans plus tard, une autre cloche a été ajoutée, offerte par d'anciens habitants de Zhovkva.

Le tableau de Notre-Dame du Rosaire, connu sous le nom de Dame de Zhovkva, qui était extrêmement important pour les habitants de Zhovkva, se trouvait dans l'église dominicaine (aujourd'hui église gréco-catholique Saint-Josaphat) jusqu'en 1946. Une partie des meubles de l'ancien Conventus Regalis a survécu à l'évacuation de 1944-1946. Le tableau miraculeux mentionné ci-dessus, qui se trouve aujourd'hui dans l'église dominicaine de Służewo, à Varsovie, a été recouronné en 1965 par le primat Stefan Wyszyński. À la demande des fidèles de Zhovkva, Małgorzata Sokołowska a réalisé une copie fidèle de la peinture miraculeuse, qui a été solennellement remise à la collégiale en 1997. Au cours de son pèlerinage en Ukraine, lors d'une messe à Lviv, le pape Jean-Paul II a consacré deux couronnes d'or destinées à cette image de la Mère de Dieu, financée par Adam Ważny. La messe solennelle de couronnement dans la collégiale de Zhovkva a eu lieu le 17 novembre 2001. L'image a été couronnée par l'évêque Stanislaw Padewski de Lviv.

Sous la direction du conservateur Janusz Smaza, les étudiants de l'Académie des beaux-arts de Varsovie et de Cracovie ont entamé en 1990 un programme de restauration des pierres tombales des familles Zhovkva, Danilovich et Sobieski, ainsi que des épitaphes et des portails en pierre de l'église. Les travaux ont été réalisés dans le cadre de stages d'été d'étudiants et en coopération avec des restaurateurs d'art qualifiés. Jusqu'en 1995, ils ont été soutenus par la Société de Varsovie pour l'entretien des monuments et la Société ukrainienne pour l'entretien des monuments historiques et culturels.

Les étapes suivantes des travaux ont été financées par le Bureau du gouvernement plénipotentiaire pour le patrimoine culturel polonais à l'étranger, aujourd'hui disparu (ses responsabilités ont été reprises par le Département du patrimoine culturel polonais à l'étranger, puis par le Département du patrimoine culturel, et maintenant par le Département du patrimoine culturel à l'étranger et des pertes de guerre au sein du ministère de la culture et du patrimoine national). En outre, les fonds de l'Office ont été utilisés pour assurer la conservation du retable du Cœur de Jésus (Sainte-Trinité). Cette tâche a été réalisée grâce à la coopération avec la Fondation pour la protection des monuments, qui a effectué de 1991 à 1997 la restauration de la chaire, de l'autel de Notre-Dame de Czestochowa et des stalles à Zhovkva (avec la participation financière du Conservateur général des monuments). Les phases ultérieures des travaux depuis 2006 ont été financées en grande partie par les fonds du ministère de la Culture et du Patrimoine national grâce aux fonds du programme "Protection du patrimoine culturel à l'étranger".

Les résultats des activités des spécialistes polonais travaillant sous la supervision du dr hab. Janusz Smaza comprennent, entre autres, la conservation de la figure de saint Adalbert l'évêque de la pierre tombale de Żółkiewski, ainsi que la plaque votive dédiée à l'anniversaire de la bataille de Vienne, l'achèvement des travaux sur la pierre tombale de Jakub Sobieski et la plaque d'inscription brisée en plusieurs dizaines de morceaux, ainsi que sur la pierre tombale de Stanisław Daniłowicz. Des travaux de conservation ont été réalisés sur le portail principal de la collégiale et sur le portail latéral du XVIIe siècle décoré de rosaces. Les peintures murales des chapelles de la Vierge Marie et de la Sainte Trinité ont été sauvées. La statue en marbre de Hetman Żółkiewski, les peintures murales et un certain nombre d'autres meubles ont été conservés. Le chœur en pierre polychrome du XVIIe siècle et la plaque de consécration en marbre ont été restaurés. L'une des étapes les plus difficiles et les plus laborieuses des travaux a été la conservation des voûtes et de leurs riches décorations en stuc.

Les vastes travaux de restauration menés à la collégiale de Zhovkva depuis le début des années 1990 comprenaient un autre élément : la conservation des œuvres de Martin Altomonte, La bataille de Vienne et La bataille des parcs, issues d'un ensemble de quatre tableaux de bataille de grand format, qui occupaient une place particulière dans le mobilier intérieur et le programme idéologique de l'église. Après la fermeture de la collégiale, les peintures ont été transférées à la galerie d'art de Lviv dans les années 1960-70.

En décembre 2007, deux tableaux plus grands ont été transportés à Varsovie : La bataille de Vienne et La bataille des parcs (chacun mesurant plus de 65 mètres carrés), et les travaux de conservation ont commencé, menés de 2007 à 2011.

Le projet de conservation quinquennal, mené sous la direction de Paweł Sadlej, a été entièrement financé par les fonds du ministère de la Culture et du Patrimoine national, pour un montant total de 4,48 millions de PLN. Les travaux de conservation et de recherche ont été réalisés en Pologne par une équipe de spécialistes polonais et ukrainiens, dans le cadre d'un accord conclu entre le Château royal de Varsovie et la Galerie nationale d'art de Lviv.

Du côté polonais, le château royal de Varsovie, le château royal de Wawel et les départements de conservation de l'art de l'Académie des beaux-arts de Varsovie et de Cracovie ont participé au projet.

L'exposition de la bataille de Vienne et de la bataille des parcs après l'achèvement des travaux de conservation faisait partie intégrante du projet. En 2011-2012, les toiles ont été présentées dans les salles Redutowa du Grand Théâtre de l'Opéra national de Varsovie et au Musée d'architecture de Wrocław. Au printemps 2012, les peintures sont retournées en Ukraine. À l'heure actuelle, la question clé est de savoir où exposer les peintures conservées, car en juin 2012, la partie ukrainienne a pris la décision unilatérale de placer des peintures individuelles dans les châteaux d'Olesko et de Zloczów (succursales de la Galerie nationale d'art de Lviv). La demande inaltérable de la partie polonaise est de placer les peintures dans les intérieurs historiques de la collégiale Saint-Laurent à Zhovkva, pour laquelle les peintures ont été commandées par le roi Jean III et où elles sont conservées depuis plus de 250 ans.

Les travaux de conservation dans l'ancienne collégiale se concentrent sur la sauvegarde de la frise entourant la collégiale. Une équipe de conservateurs dirigée par les docteurs Janusz Smaza et Andrzej Kazberuk effectue ces travaux depuis 2014. grâce aux subventions obtenues par la Fondation du patrimoine culturel dans le cadre du programme du ministre de la culture et du patrimoine national "Patrimoine culturel", priorité "Protection du patrimoine culturel à l'étranger" et du concours du Sénat de la République de Pologne (en 2015 le ministère des affaires étrangères) "Coopération avec les Polonais et les Polonais à l'étranger".