28 жовтня 1989 року костел був переданий громаді вірних і освячений о. Рафалом Владиславом Кірницьким. Розпочалося впорядкування храму та ремонтно-реставраційні роботи.

У 1990-1992 роках до робіт долучився Польський фонд культури, який провів, серед іншого, ремонтні роботи та частину робіт із заміни кроквяної конструкції даху. Польська армія та міська рада Кракова профінансували закупівлю мідних листів для покриття даху. У 1991 році парафіяльний костел у Жовкві збагатився дзвоном, відлитим у майстерні Яна Фельчинського в Перемишлі на кошти Адама Важного, а через два роки до нього додався дзвін, подарований колишніми жовківчанами.

У домініканському костелі (нині греко-католицька церква св. Йосафата) до 1946 р. знаходилася картина Божої Матері з Вервиці, відома як Жовківська Богородиця, яка була надзвичайно важливою для мешканців Жовкви. Частина рухомого майна з колишнього Conventus Regalis вціліла завдяки евакуації в 1944-1946 рр. Згадана вище чудотворна картина, яка зараз знаходиться в домініканському костелі в Служево у Варшаві, була повторно коронована в 1965 р. примасом Стефаном Вишинським. На прохання вірних з Жовкви Малгожата Соколовська зробила точну копію чудотворної картини, яку урочисто передала колегіальному костелу в 1997 році. Під час свого паломництва до України, на Месі у Львові, Папа Іван Павло ІІ освятив дві золоті корони, призначені для цього образу Божої Матері, які були профінансовані Адамом Важним. Урочиста коронаційна Меса у Жовківському колегіальному костелі відбулася 17 листопада 2001 року. Образ коронував єпископ Львівський Станіслав Падевський.

Під керівництвом консерватора Януша Смази, доктора філософії, студенти Академії мистецтв у Варшаві та Кракові розпочали у 1990 році програму реставрації надгробків родин Жовківських, Даниловичів та Собеських, а також епітафій та кам'яних порталів у костелі. Роботи проводилися в рамках літньої практики студентів та завдяки співпраці з кваліфікованими реставраторами. До 1995 року їх підтримувало Варшавське товариство охорони пам'яток спільно з Українським товариством охорони пам'яток історії та культури.

Наступні етапи робіт фінансувало вже неіснуюче Бюро Уповноваженого уряду у справах польської культурної спадщини за кордоном (його обов'язки перебрав на себе Департамент польської культурної спадщини за кордоном, потім Департамент культурної спадщини, а тепер Департамент культурної спадщини за кордоном та воєнних втрат Міністерства культури і національної спадщини). Крім того, кошти Управління були використані для проведення консервації вівтарного образу Серця Ісуса (Пресвятої Трійці). Це завдання вдалося реалізувати завдяки співпраці з Фондом охорони пам'яток, який у 1991-97 роках провів реставрацію амвону, вівтаря Ченстоховської Божої Матері та лавок у Жовкві (за фінансової участі Головного консерватора пам'яток). Наступні етапи робіт, починаючи з 2006 р., фінансувалися здебільшого з коштів Міністерства культури і національної спадщини завдяки фінансуванню програми "Охорона культурної спадщини за кордоном".

Серед результатів діяльності польських фахівців, які працювали під керівництвом д-ра габ. Януша Смази, є, зокрема, консервація фігури св. Адальберта єпископа з надгробка Жулкевського, а також вотивної плити, присвяченої річниці Віденської битви, завершення робіт на надгробку Якуба Собеського та розбитої на кілька десятків шматків таблички з написом, а також на надгробку Станіслава Даниловича. Завершено консерваційні роботи на головному порталі колегіуму та бічному порталі 17 ст., прикрашеному розетками. Збережено настінні розписи в каплицях Діви Марії та Пресвятої Трійці. Мармурова статуя гетьмана Жолкевського, настінні розписи та ряд інших предметів інтер'єру були законсервовані. Завершено реставрацію поліхромних кам'яних хорів XVII ст. та мармурової дошки освячення. Одним з найскладніших і трудомістких етапів робіт була консервація склепінь з їх багатим ліпним декором.

Комплексні реставраційні роботи, що проводилися в колегіумі у Жовкві з початку 1990-х років, включали ще один елемент - консервацію творів Мартіна Альтомонте "Битва під Віднем" та "Битва під Парканами" з циклу чотирьох великоформатних батальних полотен, які займали особливе місце в інтер'єрі та ідеологічній програмі храму. Після закриття колегіуму картини були передані до Львівської галереї мистецтв у 1960-70-х роках.

У грудні 2007 року до Варшави було перевезено дві більші картини: "Битва під Віднем" та "Битва під Парканами" (кожна площею понад 65 квадратних метрів), і розпочалися роботи з їхньої консервації, які тривали у 2007-2011 роках.

П'ятирічний проект консервації, що здійснювався під керівництвом Павла Садлея, був повністю профінансований з коштів Міністерства культури і національної спадщини на загальну суму 4,48 млн злотих. Реставраційні та дослідницькі роботи проводила в Польщі команда польських та українських фахівців, згідно з угодою, укладеною Королівським замком у Варшаві з Львівською національною галереєю мистецтв.

З польського боку у проекті брали участь Королівський замок у Варшаві, Вавельський королівський замок та кафедри консервації творів мистецтва Академії мистецтв у Варшаві та Кракові.

Невід'ємним елементом проекту був показ картин "Битва під Віднем" та "Битва за парки" після завершення консерваційних робіт. У 2011-2012 роках полотна були представлені у Редутових залах Великого театру Національної опери у Варшаві та Музеї архітектури у Вроцлаві. Навесні 2012 року картини повернулися в Україну. Наразі ключовим питанням є те, де експонувати законсервовані картини, оскільки у червні 2012 року українська сторона прийняла одностороннє рішення про розміщення окремих картин у замках Олесько та Злочув (філіях Львівської національної галереї мистецтв). Незмінною вимогою польської сторони є розміщення картин в історичних інтер'єрах колегіального костелу Святого Лаврентія у Жовкві, для якого картини були замовлені королем Яном ІІІ і де вони зберігаються вже понад 250 років.

Консерваційні роботи в колишньому колегіумі зосереджені на порятунку фризу, що оточує колегіальний костел. Команда консерваторів на чолі з докторами Янушем Смазою та Анджеєм Казберуком проводять їх з 2014 року. завдяки грантам, отриманим Фондом культурної спадщини в рамках програми Міністра культури і національної спадщини "Культурна спадщина", пріоритет "Охорона культурної спадщини за кордоном" та конкурсу Сенату Республіки Польща (з 2015 року - Міністерства закордонних справ) "Співпраця з поляками та поляками за кордоном".