Kościół w Siesikach o ciężkiej, surowej bryle jest przykładem architektury, która powstawała w prowincjonalnych ośrodkach Wielkiego Księstwa Litewskiego. Jako murowana na terenie, gdzie dominowała zabudowa drewniana była jednak znakiem dominacji nie tylko Kościoła rzymsko-katolickiego, co swoich fundatorów rodu Dowmont-Siesickich z powiatu wiłkomierskiego.

W literaturze kościół pw. św. Bartłomieja (pierwotnie Zbawiciela) uchodzi za fundację Stanisława (ok. 1470-1561) i jego młodszych braci Michała (Melchiora) i Abrahama Siesickich herbu Bawola Głowa z 1537 r., synów Gabriela Dowmont-Siesickiego i Katarzyny z Połubińskich. Forma kościoła wskazuje jednak, że wzniesiono go sto lat później, a więc ok. 1630 r. lub jeszcze później (w rejestrze zabytków Litwy podawana jest data: 1662-1668, którą raczej należy odnieść do remontu i ponownej konsekracji po zniszczeniach potopu). Podobnie pojawia się informacja, że wieżę świątyni podwyższono o kondygnację w XVIII w. Bardziej prawdopodobne jest, że nadbudowano ją wkrótce po powstaniu świątyni, czyli jeszcze w XVII w. Kościół remontowano w latach 1818-1819, 1846 i w 1958 r. Na sklepieniu prezbiterium w XX w. wymalowano wówczas skromne freski. Jeszcze w XIX w. plac przy świątyni otoczono kamienno-ceglanym murem.

Opisywana świątynia w Siesikach jest zapewne trzecią z kolei. Pierwsza istniała przed 1441 r. skoro Bartłomiej Snukis Urbanowicz nadał parafii dobra Ponatery z obowiązkiem wystawienia tam kaplicy. Druga mogła rzeczywiście zostać wzniesiona w przywoływanym w przewodnikach roku 1537. Była to świątynia, która znalazła się w rękach kalwinów, jako że szlachta litewska masowo opowiadała się wówczas za prądami protestanckimi. Obecną świątynię wybudował Kacper, syn Melchiora, pisarz grodzki i podstoli powiatu wiłkomierskiego. Był to czas powrotu litewskich elit do Kościoła Rzymsko-Katolickiego.

Anonimowy warsztat murarski wzniósł budowlę na rzucie prostokąta, jako trójnawową halę z trójbocznie zamkniętym prezbiterium ujętym zakrystią i skarbczykiem oraz masywną, czterokondygnacyjną wieżą w fasadzie, do której doklejono dwie niewielkie klatki schodowe. Dolne kondygnacje wieży są czworoboczne, a ostatnia jest ośmioboczna. Jej kolejne części schodkowo zmniejszają się ku górze. Skromną - rytmiczną dekorację elewacji bocznych stanowią lizeny ujmujące okna zakończone półkoliście. Podtrzymują one gzyms obiegający budowlę. Główne wejście znajduje się w wieży, na osi budynku. Ciekawy jest kształt portalu, który ujmuje profilowany i przekształcony łuk w ośli grzbiet. Ponad nim jeszcze w połowie XIX w. znajdował się herb Domont-Siesickich.

Wnętrze kościoła nakrywają sklepienia krzyżowe wspierające się na masywnych filarach oraz służkach przy bocznych ścianach. Ich kapitele mają charakter uproszczonych form geometrycznych. Na sklepieniach ułożono szerokie listwy układające się w nawie głównej w malownicze formy liściaste i czworoboczne. Kościół jest podpiwniczony z obszernymi kryptami.

Najstarszym elementem wyposażeniem świątyni są dwie ławy kolatorskie, które powstały zapewne w pierwszej tercji XVII w. Wspomnieć trzeba też o krucyfiksie i licznych obrazach z XVIII-XIX w. Szczególnie ciekawy jest cykl dużych płócien ukazujący Czterech Ewangelistów, który powstał w związku z działalnością pierwszego na terenie dawnej Rzeczpospolitej Wydziału Sztuk Pięknych, który powołano w 1797 r. na Uniwersytecie Wileńskim. Niestety nie wiadomo, który z uczniów mógł wykonać te prace. Ponadto we wnętrzu zachowały się skromne, neogotyckie ołtarze. W wieży, co rzadkość, zachował się trzy stare dzwony z 1692 r., 1701 r. i XVIII w. Wspomnieć trzeba też o skromnych tablicach epitafijnych Konstantego Kamieńskiego (zm. 1830), sądowego granicznego oraz jego żony Marianny z Kossakowskich (zm. 1831), a przede wszystkim o epitafium Konstantyna Dowgiałły (zm. 1790) „dziedzic(a) majątku Siesik” z herbem Zadora. Kształt tego ostatniego wpisuje się w tablice wykonywane ok. 1800 r. przez wileńskich kamieniarzy, stąd można podejrzewać że zamówiono ją w którymś ze stołecznych warsztatów.

Unikatową historię mają organy. Pierwotnie znajdowały się one w cerkwi bazylianów w Baranach (okolice Wilna). Umowę na ich wykonanie zakonnicy podpisali w 1782 r. z organmistrzem Michaelem Zellem. W Siesikach znalazły się w 1847 r., co dokumentuje inskrypcja na mosiężnej tablicy z boku organów. Instrument na początku XX w. został gruntownie przebudowany przez mistrza Augustyna Montwiłła. Obecnie organy posiadają dwa manuały i pedały. Prospekt organowy jest natomiast typową formą architektoniczną stosowaną przez mistrzów wileńskiej szkoły późnego baroku. Jest to siedmioelementowa kompozycja składająca się z dwóch wysokich i wielobocznych wież, które ujmują niską, trójkątną wieżę, które połączone są zakrzywionymi gzymsami.