Les églises historiques de Vilnius ne constituent pas un ensemble homogène , car elles ont été construites entre la fin du XIVe siècle et le début du XIXe siècle. Au fil des siècles, elles ont été à plusieurs reprises agrandies et modernisées en fonction de l'évolution des goûts. C’est le partage russe et la politique menée par le tsar et ses fonctionnaires après les soulèvements de novembre et de janvier qui ont mis un terme à la construction d’églises à Vilnius.

Les premiers édifices importants de Vilnius qui ont été conservés jusqu’à aujourd’hui datent de l’époque des Jagellons, lorsque , en 1387, la ville obtint le droit de Magdebourg et que la Lituanie fut baptisée. C’est alors que débutèrent les travaux de construction de la cathédrale en pierre dédiée à la Sainte Trinité, à la Vierge Marie, ainsi qu’à saints Stanislas et Ladislas. Elle fut érigée juste à côté du château, sur un terrain où vivaient auparavant des colons allemands. À la fin du XIVe siècle, on commença également à construire l’église paroissiale de Vilnius dédiée à saint Jean-Baptiste , et dans la partie ouest de Vilnius, peuplée de nouveaux arrivants venus d’Europe occidentale, vers 1430, la construction de l’église franciscaine dédiée à la Sainte Vierge fut achevée . Tous ces édifices religieux étaient des églises gothiques monumentales de type « hal », car l’architecture de Vilnius s’est inspirée dès ses débuts de la tradition de la construction en brique du nord de la Baltique .

Intronisé sur le trône grand-ducal en 1440, Casimir Jagiellon, s’intéressant à l’activité missionnaire auprès de la population ruthène, fit venir les bernardins à Vilnius en 1469 . Il leur trouva un terrain au bord de la Vileika, à côté de la cathédrale orthodoxe de la Sainte Mère de Dieu. La construction de l’église des Bernardins fut poursuivie par son fils Alexandre , qui fit appel à l’architecte expérimenté Michael Enkinger ( mentionné jusqu’en 1520 environ) de Dantzig. Juste à côté de l’église monastique, l’architecte éleva, grâce à une fondation d’Alexandre Jagiellon, une petite église dédiée à Sainte-Anne ( 1495-1501) – un joyau du gothique flamboyant.

Le XVIe siècle fut une période d’effervescence religieuse dans toute l’Europe, peu propice à la création de nouvelles fondations ecclésiastiques. Cependant, en opposition aux mouvements de la Réforme, en 1569, l’évêque de Vilnius, Valérien Protasewicz, fit venir les jésuites à Vilnius . Les religieux se virent confier la charge de l’église Saint-Jean-Baptiste, qu’ ils réaménagèrent à plusieurs reprises au cours des décennies suivantes. C’est également à leur action que l’on doit la construction d’églises de style baroque : celle de Saint-Casimir ( à partir de 1604), où résidaient les professés, et celle de Saint-Ignace ( 1619-1647), où fut organisé le noviciat. Au début du XVIIIe siècle, les jésuites ont également érigé une église dans la banlieue de Śnipiszki ( sur la rive opposée de la Vilia), qu’ils ont dédiée à saint Raphaël ( entre 1702 et 1709).

L’église des professes fut conçue par Giovanni Maria Bernardoni ( 1541-1605) et construite par son élève Jan Frankiewicz ( 1559-1627). Tous deux appartenaient à l’ordre des jésuites. Il est important de noter que l’église Saint-Casimir fut la première de la ville à être dotée d’une coupole. Elle comportait également une seule nef, sur laquelle s’ouvraient des chapelles latérales.

D’autres ordres religieux, notamment les carmelites chaussés et les carmélites déchaussés , ont également été actifs dans le domaine de la construction au cours de la première moitié du XVIIe siècle. Le secrétaire royal Wojciech Chludziński, originaire de Włodków, fut le fondateur de l’église des Carmes-chaussés dédiée à la Toussaint ( 1620-1631), construite selon un plan à trois nefs. De son côté, le vice-chancelier de Lituanie Stefan Pac (1587-1640) fonda en 1633 un sanctuaire des Carmes déchaux, un exemple parfait d'une réalisation inspirée de l'architecture en vogue à la cour royale, et en même temps une église dotée d'une élégante façade romaine.

Auparavant, dans un style que l’on pourrait qualifier de Renaissance-maniériste , des architectes italiens liés au milieu artistique de Lublin avaient érigé l'église des Bernardines dédiée à l'archange Michel ( 1594-1625). Son fondateur était Lew Sapieha ( 1557-1633), qui fit de cet édifice le mausolée de sa famille.

À Antokol – une banlieue historique de Vilnius, aujourd’hui intégrée à la ville –, deux églises majeures du baroque mûr en Europe ont vu le jour : l’église des Saints Pierre et Paul ( 1668-1682) et l’église du Seigneur Jésus de Nazareth ( 1694-1716). Elles ont été construites par la même équipe : l’architecte et ingénieur militaire Giovanni Battista Frediani ( 1627/32-1700) et le stucateur Pietro Perti ( 1648-1714).

La première de ces églises, destinée aux chanoines réguliers du Latran, fut fondée en 1668 par le héroïque libérateur de Vilnius des chaînes moscovites — l’hetman de Lituanie et voïvode de Vilnius Michał Kazimierz Pac ( 1624-1682). Pour la construction et la décoration de l’église — ex-voto pour la libération de la ville en 1660 et pour le mausolée —, il fit venir des artisans de Petite-Pologne (le projet fut réalisé par Jan Zaor, originaire du quartier de Kazimierz à Cracovie, décédé en 1672) et d’Italie. Ils ont ainsi créé l’un des édifices baroques les plus intéressants de la République de Pologne , célèbre avant tout pour les stucs de l’atelier de Pietro Perti et de Giovanni Maria Gallego , qui recouvrent comme un tapis presque chaque recoin de l’intérieur. Il convient également de noter la façade à colonnes, jouant sur les clairs-obscurs , conçue par Frediani de Lucques, que pare une inscription à double sens : REGINA PACIS FUNDA NOS IN PACE (Reine de la paix, accorde-nous la paix).

La deuxième des églises d’Antokol a été érigée pour l’ordre des Trinitaires , que Kazimierz Jan Sapieha ( 1642-1720), successeur de Pac au poste d’hetman et de voïvode, avait fait venir. L’église — un chef-d’œuvre d’ingénierie — faisait partie d’un ensemble résidentiel et sacré . Celui-ci se composait d’un palais (1689-1692) situé sur une colline (à 120 m d’altitude), de cinq portes menant à la cour d’apparat et à la cour de service ainsi qu’au jardin (1690), d’un parc à gibier, ainsi que de l’église-mausolée dédiée au Seigneur Jésus, avec le monastère des Trinitaires. Giovanni Battista Frediani a donné à l’édifice un plan octogonal et l’a surmonté d’une voûte en coupole, la plus grande de la République à l’époque, dont l’axe perpendiculaire mesurait 18,20 m. En tenant compte des points de vue, l’architecte a également prévu des tours en diagonale sur la façade.

L’année 1733 vit l’occupation de Vilnius par les Russes sous prétexte d’une alliance avec la République et d’un soutien à Auguste III. Au cours des années suivantes, si la ville fut épargnée par les drames de la guerre, elle fut toutefois ravagée par une série d’incendies ( 1737, 1741, 1748, 1749), dont les plus tragiques furent ceux de 1737 et 1748. Ils marquent également la limite temporelle inférieure de la cristallisation d’un nouveau courant architectural , caractéristique de Vilnius et du Grand-Duché de Lituanie , qui perdura jusqu’au tournant des années 70 et 80 du XVIIIe siècle. On le qualifie d’ « baroque », bien que ses détails aient pris des formes rococo exprimées non seulement dans le stuc, mais aussi dans la tôle de fer des balcons et des couronnements des clochers (par exemple, les églises des missionnaires et des bénédictines). Dans les plans standard – très simples – des édifices , une grande attention était accordée aux tours ajourées et superposées ( par exemple, l’église des Augustins-ermites dédiée à Notre-Dame de la Consolation), aux pignons « attiques » dentelés des façades , des chœurs et des transepts, dont les murs étaient souvent ondulés à l’instar de la façade principale, ce qui conférait une impression de légèreté au volume. La ligne courbe apparaît également dans les découpes fantaisistes des ouvertures et des arcades , le plus souvent dépourvues de cadres et d’ordres architecturaux, tandis qu’une corniche souvent fortement brisée sépare nettement les différents étages les uns des autres. À l’intérieur, un pilier à balustres imposant soutient le chœur, comme dans l’église du Saint-Esprit ou celle de Saint-Jean-Baptiste. Un socle bombé était également présent dans les autels qui, formant des compositions complexes, apportaient une dynamique jusqu’alors inédite dans le Grand-Duché de Lituanie à un espace aménagé de manière traditionnelle, servant de décor aux offices post-tridentins. Les plus beaux de ces autels se trouvent dans les églises jésuites Saint-Jean-Baptiste et Saint-Raphaël , ainsi que dans l’église dominicaine du Saint-Esprit . Il convient également de noter les coupoles ondulées et brisées des églises jésuites et dominicaines qui, avec leurs clochers, contribuent à façonner le caractère pittoresque et délicat du paysage de Vilnius.

Le style baroque de Vilnius a dû céder la place à une nouvelle école architecturale originale de Vilnius : le classicisme révolutionnaire . Son représentant était l’architecte aux talents multiples et très cultivé Wawrzyniec Gucewicz ( 1753-1798). Il évoluait dans l’entourage de l’évêque Ignacy Massalski , lié à la Commission de l’Éducation nationale , membre de la Ligue de Targowica, accusé de trahison. C’est à son initiative que l’on entreprit , au printemps 1777, la reconstruction de la cathédrale. Les travaux furent d’abord dirigés par un autre architecte classique , Marcin Knackfus, mais celui-ci fut remplacé, au plus tard en 1782, par Wawrzyniec Gucewicz, qui avait fait ses études à Rome et à Paris aux frais de l’évêque. Achevée en 1801, la cathédrale, dans laquelle l’héritage architectural des époques et des styles antérieurs a été effacé, tout en conservant — trop important pour être transformé — sanctuaire de Saint-Casimir, de style baroque précoce, a défini le caractère du style qui se développait à Vilnius. La ville devint un bastion du classicisme révolutionnaire, né sous l’influence de l’architecture française, avec une puissance artistique supérieure à celle observée à Varsovie.