Après la défaite de la campagne de septembre, quelque 33 000 soldats polonais ont été placés dans des camps d'internement en Hongrie. Ils sont pris en charge par diverses institutions, dont la Croix-Rouge. Officiellement, les soins de santé pour les Polonais relevaient des médecins militaires et de district hongrois, mais dans la pratique, avec l'accord des autorités, ils étaient pris en charge par des médecins polonais, sous la supervision générale de médecins hongrois. Cette situation s'explique en partie par les barrières linguistiques qui empêchent les Polonais d'utiliser le système de soins hongrois.

En septembre 1939, selon une circulaire du ministère de l'Intérieur, les réfugiés militaires et civils ont droit à des soins médicaux gratuits. Le 3 novembre 1939, la section des médecins polonais a été créée, fonctionnant officiellement au sein de la structure de la Croix-Rouge hongroise, mais liée à la Croix-Rouge polonaise de Budapest. Ses activités sont subventionnées par le Comité civique. Outre la coordination du travail des médecins, la section est également responsable du travail de quelque 90 infirmières polonaises. L'organisation regroupe 41 médecins civils et 114 médecins militaires. Son siège et la Clinique centrale polonaise sont situés à Budapest. Son fonctionnement est rendu possible grâce à Klara Andrássy, qui met à disposition un étage entier de son palais sur le Danube, Fő utca 11/13, pour les besoins des organisations médicales polonaises et de la Croix-Rouge.

Du côté polonais, la supervision et l'organisation ont été assurées par le docteur en médecine, le général de brigade Jan Strzedniski-Kołłątaj (1883-1944). Les circonstances exactes de la mort du général ne sont pas claires ; selon un récit, après l'entrée des troupes nazies dans Budapest le 19 mars 1944, il s'est rendu dans son bureau pour brûler des documents relatifs à ses activités clandestines, y compris l'aide à la dissimulation de Juifs. Pendant que les documents étaient détruits, des hommes de la Gestapo sont entrés dans le bâtiment et ont d'abord abattu le général, avant de tirer sur d'autres Polonais - médecins, infirmières et patients. Il a été enterré au cimetière de Kobenya, aujourd'hui à Budapest, dans la section polonaise. Pour ses activités et son attitude héroïque, il a reçu, entre autres, le titre de Juste parmi les nations et la Croix d'argent de l'Ordre de Virtuti Militari.

Grâce au travail des médecins polonais et au soutien de la partie hongroise, chaque camp disposait d'une clinique avec une infirmerie et une pharmacie. Des soins dentaires gratuits sont également dispensés aux frais du Comité civique polonais et l'état sanitaire des camps est contrôlé. Pour les besoins de l'armée, un hôpital militaire de 140 lits a été ouvert à Győr en 1940, dirigé par le Dr Stefan Sobieniecki. Dans le cimetière adjacent, 45 soldats polonais décédés des suites de blessures subies lors de combats contre les Allemands en Pologne en 1939 et soignés dans cet établissement ont été enterrés.

Le système de santé était complété par le service neurologique de Szentes, le service de tuberculose d'Eger et les sanatoriums de Letkés et d'Ipolyszalka, ainsi que par la Maison de santé qui était un sanatorium pour tuberculeux à Mátraháza (parfois le nom du village voisin Matrafüred est donné) et la maison de retraite de Keszthely.

La Croix-Rouge hongroise et l'Organisation internationale de protection de l'enfance s'occupent des mères et des enfants. Selon les statistiques, 212 enfants sont nés parmi les réfugiés entre 1939 et 1945, tandis que le nombre de décès s'élève à 300. Des installations spéciales à Kadarkut, Dunamocs et Kesthely ont été mises en place pour répondre aux besoins des mères avec enfants.

Le rapport journalier du camp de Begenc Major du 11 novembre 1941 nous renseigne sur le fonctionnement quotidien de l'infirmerie : "L'infirmerie dispose d'un cabinet de toilette (ancien sens du terme - une pièce séparée - BG), où les soldats malades sont examinés, et où se trouvent également l'appartement du jeune médecin et la trousse de premiers secours du camp". Au départ, l'infirmerie était composée de deux toilettes avec des couchettes et des matelas individuels. Dans la première quinzaine de juillet 1921, l'infirmerie, située dans un bâtiment rénové, est mise en service. Elle dispose d'un plancher en bois, d'un éclairage adéquat grâce à de nouvelles fenêtres et abrite 16 lits en fer avec matelas et draps ainsi que l'équipement nécessaire. En moyenne, 250 soldats se présentent à l'infirmerie".

Les sites de certaines institutions sont commémorés par des plaques : à Budapest, où se trouvait la clinique centrale polonaise, à Győr, où se trouvait un hôpital polonais, et à Keszthely, où se trouvait une maison de retraite.