Po przegranej kampanii wrześniowej na Węgrzech znalazło się około 33 000 polskich żołnierzy, którzy przebywali w obozach internowania. Opiekę nad nimi sprawowały różne instytucje, w tym Czerwony Krzyż. Formalnie opieka zdrowotna nad Polakami spoczywała na węgierskich lekarzach wojskowych oraz powiatowych, jednak w praktyce - za zgodą władz - zajmowali się tym polscy lekarze, jedynie pod ogólnym nadzorem medyków węgierskich. Po części wynikało to z barier językowych, które utrudniały Polakom korzystanie z węgierskiego systemu opieki.

We wrześniu 1939 r., zgodnie z okólnikiem Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, uchodźcom wojskowym i cywilnym przysługiwała bezpłatna opieka medyczna. 3 listopada 1939 r. utworzono Sekcję Polskich Lekarzy, funkcjonującą oficjalnie w strukturze Węgierskiego Czerwonego Krzyża, powiązanego jednak z Polskim Czerwonym Krzyżem w Budapeszcie. Jej działalność była subsydiowana przez Komitet Obywatelski. Sekcja ta, poza koordynacją prac lekarzy, odpowiadała także za pracę około 90 polskich pielęgniarek. Organizacja skupiała 41 cywilnych i 114 wojskowych lekarzy, a jej siedziba oraz Centralna Polska Klinika znajdowały się w Budapeszcie. Jej funkcjonowanie było możliwe dzięki Klarze Andrássy, która oddała na potrzeby polskich organizacji medycznych i Czerwonego Krzyża całe piętro swojego pałacu nad Dunajem przy Fő utca 11/13.

Ze strony polskiej nadzór i organizację prowadził doktor medycyny generał brygady Jan Strzedniski-Kołłątaj (1883-1944). Dokładne okoliczności śmierci generała nie są jednoznaczne, według jednej z relacji po wkroczeniu wojsk nazistowskich do Budapesztu 19 marca 1944 r. udał się on do swojego gabinetu, aby spalić dokumenty związane z prowadzoną przez niego działalnością konspiracyjną, w tym pomocą przy ukrywaniu Żydów. W trakcie niszczenia dokumentacji do budynku wkroczyli gestapowcy, którzy zastrzelili najpierw generała, a potem mieli zastrzelić także innych Polaków - lekarzy, pielęgniarki oraz pacjentów. Pochowany został na cmentarzu w Kobenya, obecnie w Budapeszcie, w polskiej kwaterze. Za swoją działalność i bohaterską postawę otrzymał m.in. tytuł Sprawiedliwy wśród Narodów Świata oraz Krzyż Srebrny Orderu Virtuti Militari.

Dzięki działalności polskich lekarzy i wsparciu strony węgierskiej w każdym obozie znajdowała się przychodnia z salą chorych i apteką. Prowadzono także - na koszt Polskiego Komitetu Obywatelskiego - bezpłatną opiekę dentystyczną oraz monitorowano stan sanitarny obozów. Na potrzeby wojskowych uruchomiono w 1940 r. szpital wojskowy w Győr ze 140 łóżkami, prowadzony przez dr. Stefana Sobienieckiego. Na sąsiadującym z nim cmentarzu pochowano 45 żołnierzy polskich, którzy zmarli w wyniku ran odniesionych w walkach z Niemcami w Polsce w 1939 r., a którzy leczyli się w tej placówce.

System opieki zdrowotnej uzupełniały oddział neurologiczny w Szentes, oddział gruźliczy w Egerze oraz sanatoria w Letkés i Ipolyszalka, a także Dom Zdrowia będący sanatorium gruźliczym w Mátraháza (niekiedy podawana jest nazwa sąsiedniej miejscowości Matrafüred) i dom starców w Keszthely.

Opiekę nad matkami i dziećmi zapewniał Węgierski Czerwony Krzyż i Międzynarodowa Organizacja Ochrony Dzieci. Według statystyk w latach 1939-1945 wśród uchodźców urodziło się 212 dzieci, natomiast liczba zgonów wyniosła 300. Na potrzeby matek z dziećmi działały specjalne placówki w Kadarkut, Dunamocs i Kesthely.

O codzienności funkcjonowania ambulatorium dowiedzieć możemy się z „Jednodniówki Obozu w Begenc Major” z 11 listopada 1941 r. Przeczytamy tam, że  „na ambulatorium przeznaczona jest jedna ubikacja (chodzi o dawne znaczenie tego słowa - osobne pomieszczenie - dop. BG), w której przeprowadza się badania chorych żołnierzy, a zarazem znajduje się mieszkanie lekarza młodszego i apteczka obozowa. Na cel zaś izby chorych były początkowo oddane dwie ubikacje z pojedynczymi pryczami i siennikami. W pierwszej połowie lipca 1921 roku została oddana do użytku izba chorych, znajdująca się w odrestaurowanym budynku. Posiada ona drewnianą podłogę, dzięki nowym oknom odpowiednie oświetlenie, mieści 16 żelaznych łóżek z siennikami i prześcieradłami oraz potrzebny sprzęt. Do ambulatorium zgłasza się przeciętnie 250 żołnierzy”. 

Miejsca niektórych placówek upamiętnione zostały tablicami - znajdują się one w Budapeszcie, gdzie była Centralna Polska Klinika, w Győr, gdzie znajdował się polski szpital, oraz w Keszthely gdzie znajdował się dom starców.