Історичні віленські церкви не утворюють єдиного комплексу будівель , оскільки зводилися з кінця XIV століття до початку XIX століття. Протягом наступних століть їх неодноразово розбудовували та модернізували відповідно до мінливих смаків. Кінець церковному будівництву у Вільнюсі приніс російський поділ та політика царя й його чиновників, що проводилася після Листопадового та Січневого повстань.

Перші значні будівлі Вільнюса, що збереглися до наших днів, походять з часів Ягеллонів, коли у 1387 році місто отримало магдебурзьке право, а Литва прийняла християнство. Тоді розпочалися роботи над цегляним собором на честь Пресвятої Трійці, Діви Марії, святих Станіслава та Владислава . Його розмістили поруч із замком, на території, де раніше мешкали німецькі поселенці. Наприкінці XIV ст. також розпочалося будівництво віленської парафіяльної церкви на честь святого Івана Хрестителя , а в західній частині Вільнюса, де проживали переселенці із Західної Європи, близько 1430 р. було завершено будівництво францисканського храму на честь Пресвятої Діви Марії . Усі згадані храми були готичними, монументальними залами , адже віленська архітектура від самого початку випливала з традицій північного, прибалтійського цегляного будівництва .

Казимир Ягеллонський , який зійшов на великий князівський престол у 1440 році, цікавився місіонерською діяльністю серед руського населення і в 1469 році запросив до Вільнюса бернардинців. Він знайшов для них ділянку на березі Вілейки, поруч із православним собором Пречистої Богородиці. Будівництво церкви бернардинців продовжив його син Олександр , залучивши досвідченого будівельника Міхаеля Енкінгера ( відомий до бл. 1520 р.) з Гданська. Поруч із монастирським храмом архітектор звів на кошти Олександра Ягеллончика невеликий костел на честь святої Анни ( 1495–1501) — перлину полум’яної готики.

XVI століття — це час релігійного бродіння в усій Європі, що не сприяло створенню нових церковних заснувань. Однак на противагу реформаційним рухам у 1569 р. віленський єпископ Валеріан Протасевич запросив до Вільнюса єзуїтів . Ченці отримали під опіку костел на честь святого Івана Хрестителя , який у наступні десятиліття неодноразово перебудовували . З їхньою діяльністю пов’язане також виникнення костелів у стилі бароко — святого Казимира ( з 1604 р.), біля якого проживали професи, та святого Ігнатія ( 1619–1647), біля якого було організовано новиціат. На початку XVIII ст. єзуїти також звели храм у передмісті Шніпішки ( на протилежному березі Вілі) і присвятили його святому Рафалу ( після 1702–1709 рр.).

Храм професів спроектував Джованні Марія Бернардоні ( 1541–1605), а зводив його його учень Ян Франкевич ( 1559–1627). Обидва належали до ордену єзуїтів. Важливо, що костел на честь святого Казимира був першим у місті, який отримав купол. Він також мав один неф, до якого виходили бічні каплиці.

У першій половині XVII століття активність у будівельній сфері проявляли також інші ордени, зокрема кармеліти в черевиках та босоногі . Королівський секретар Войцех Хлудзінський з Влодкова був засновником церкви кармелітів-взутих на честь Усіх Святих ( 1620–1631), яку звели як тринефну. У свою чергу, підканцлер Литви Стефан Пац (1587–1640) у 1633 р. заснував храм босих кармелітів, чудовий приклад реалізації, натхненної архітектурою, що створювалася при королівському дворі, і водночас костел з елегантним римським фасадом.

Раніше у стилі, який можна було б назвати ренесансно-манієристським , італійські будівельники, пов’язані з колом майстрів, що працювали в Любліні, звели костел бернардинок на честь Архангела Михаїла ( 1594–1625). Його засновником був Лев Сапіга ( 1557–1633), який надав храму функцію родового мавзолею.

На Антоколі — історичному передмісті Вільнюса, яке сьогодні є частиною міста, з’явилися дві важливі в Європі святині зрілого бароко: костел на честь святих Петра і Павла ( 1668–1682) та костел на честь Господа Ісуса Назарянина ( 1694–1716). Їх збудувала одна й та сама команда: архітектор та військовий інженер Джованні Баттіста Фред’яні ( 1627/32–1700) та штукатур П’єтро Перті ( 1648–1714).

Перший із згаданих храмів для каноніків-регулярів Латеранських заснував у 1668 р. героїчний визволитель Вільнюса з-під московських кайданів — литовський гетьман і віленський воєвода Міхал Казімєж Пац ( 1624–1682). Для будівництва та оздоблення церкви — як подяку за визволення міста в 1660 році та як мавзолей — він запросив майстрів з Малопольщі (проект розробив Ян Заор з краківського Казімєжа, який помер у 1672 році) та з Італії. Вони створили одну з найцікавіших барокових świątyń Речі Посполитої , відому насамперед своїми ліпнинами майстерні П’єтра Перті та Джованні Марії Галлего , які, немов килим, вкривають майже кожну частину інтер’єру. Варто також звернути увагу на колонний — світлотіньовий фасад за проектом Фред’яні з Лукки , який прикрашає багатозначний напис: REGINA PACIS FUNDA NOS IN PACE (Царице миру, даруй нам мир).

Другий із антокольських храмів був зведений для ордену тринітаріїв , яких запросив Казимир Ян Сапіга ( 1642–1720), наступник Паца на посаді гетьмана та воєводи. Церква — шедевр інженерної думки — була частиною резиденційно-сакрального комплексу . Він складався з палацу (1689–1692), розташованого на пагорбі (120 м над рівнем моря), п’яти воріт, що вели до парадного та господарського дворів, а також до саду (1690), звіринця, а також церкви-мавзолею на честь Господа Ісуса з монастирем тринітаріїв. Храму Джованні Баттіста Фредіані надав восьмикутну форму та увінчав його купольним склепінням, яке на той час було найбільшим у Речі Посполитій, з перпендикулярною віссю довжиною 18,20 м. З огляду на оглядові точки архітектор також запланував похилі вежі у фасаді.

1733 рік приніс захоплення Вільнюса москалями під приводом союзу з Реччю Посполитою та підтримки Августа III. У наступні роки військова трагедія, щоправда, оминала місто, але ним прокотилися хвилі пожеж ( 1737, 1741, 1748, 1749), найтрагічнішими з яких були пожежі 1737 та 1748 років. Вони водночас визначають нижню часову межу кристалізації нового, характерного для Вільнюса та Великого Литовського князівства архітектурного напряму , що тривав до рубежу 70-х і 80-х років XVIII століття. Його позначають прикметником «бароковим», хоча його деталі набували форм рококо, що виявлялися не лише у ліпнині, а й у залізних листах балконів та увінчань шпилів веж (наприклад, церкви місіонерів та бенедиктинок). При стандартних — дуже простих планах будівель велику увагу приділяли ажурним і багатоярусним вежам ( наприклад, церква августинців-пустельників на честь Матері Божої Утішительки), пошматованим «аттиковим» фронтонам фасадів , пресвітеріїв і трансептів, часто зі стінами, що хвилясто вигиналися, як і передній фасад, що надавало об’єму легкості . Крива лінія з’являється також у вигадливих формах отворів та аркад , які зазвичай позбавлені рам та ордерів, а нерідко сильно ламаний карниз чітко відокремлює один поверх від іншого. У інтер’єрах розлогий стовп із балясинами підтримує музичний хор, як у костелі Святого Духа чи костелі святого Івана Хрестителя. Випуклий цоколь зустрічався також у вівтарях, які, утворюючи складні композиції, вносили небачену досі у Великому Князівстві Литовському динаміку в традиційно вирішене просторове оформлення, створюючи сценічне оформлення для посттридентських богослужінь. Найкрасивіші з вівтарів знаходяться у єзуїтських костелах Святого Івана Хрестителя та Святого Рафала, а також у домініканському костелі Святого Духа. Слід також звернути увагу на хвилясті, ламані куполи храмів єзуїтів і домініканців, які разом із вежами створюють мереживну мальовничість пейзажу Вільнюса.

Вільнюський бароко мусив поступитися місцем під тиском чергової оригінальної школи віленської архітектури — революційного класицизму . Її представником був всебічно обдарований і освічений архітектор Вавринцій Гуцевич ( 1753–1798). Він діяв у колі єпископа Ігнація Массальського , пов’язаного з Комісією народної освіти , прихильника Тарговицького руху, звинуваченого у зраді. З його ініціативи навесні 1777 р. розпочалася перебудова собору . Спочатку роботи виконував інший класицист Марцін Кнакфус , але не пізніше 1782 року його замінив Вавжинець Гуцевич, який здобув освіту за рахунок єпископа в Римі та Парижі. Завершений у 1801 році собор, у якому було затерто архітектурну спадщину попередніх епох і стилів, залишивши надто важливий, щоб його перетворювати, ранньобарокового святилища святого Казимира, визначила характер стилю, що розвивався у Вільнюсі. Місто стало островом революційного класицизму , що зароджувався під впливом досягнень французької архітектури , з більшою художньою силою, ніж це було у Варшаві.