W 1906 r. rozpoczął studia w Szkole Sztuk Pięknych w Warszawie. W czasie pierwszej wojny światowej znalazł się w Rosji, gdzie uczył rysunku w polskim gimnazjum. W 1920 r., razem z Felicjanem Kowarskim, założyli w Toruniu zakład graficzny „Sztuka”, który zajmował się ilustrowaniem książek, grafiką reklamową, wystawiennictwem. Za wykonanie pawilonu na Powszechną Wystawę Krajową w Poznaniu, w 1929 r., Czerny otrzymał dyplom uznania. Zaprojektował dekoracje do polskiego pawilonu na wystawę światową w Liege w 1930 r., za co przyznano mu Grand Prix. Był członkiem agencji graficzno-reklamowej „Grafik” oraz założycielem Koła Artystów Grafików Reklamowych, powstałego w 1933 r. Artysta był jednym z grafików zaangażowanych w kampanię reklamową „Cukier krzepi”. Nowina-Czerny, jak wielu twórców plakatu dwudziestolecia międzywojennego, reprezentował nurt art deco. W większości prac stosował kubistyczną syntezę formy i spłaszczoną przestrzeń.

W 1939 r. Czerny wykonał wnętrze pawilonu restauracyjnego i sali rolniczej na wystawę światową w Nowym Yorku. W czasie powstania warszawskiego artysta został sparaliżowany od wybuchu bomby. Wraz z żoną Zofią dotarli do Libanu, skąd wyemigrowali do Kanady. Zofia Nowina-Czerny ukończyła warszawską Szkołę Sztuk Pięknych. W 1925 r. brała udział w dorocznej wystawie Polskiego Klubu Artystycznego w Warszawie. W Kanadzie poświęciła się opiece nad sparaliżowanym mężem. Zmarła rok po nim, w 1958 r. w Toronto.

Prasa polonijna odnotowała jedną tylko wystawę twórczości Henryka Nowiny-Czarnego, w 1956 r., w Toronto w King Edward Hotel. Po śmierci obojga artystów ukazało się wspomnienie: „Rodzina artystów poszkodowana przez los” („Związkowiec”), w którym opisane zostały dramatyczne losy wojenne i powojenne obojga artystów. Czernego z czasów międzywojnia wspomina Jerzy Zaruba w książce wspomnieniowej „Warszawa naszej młodości” (Wyd. Iskry, 1955). Na stronie Nautilus-Galerii-Domu Aukcyjnego znalazła się litografia barwna Henryka Nowiny-Czernego „Szczątki kolegiaty w Płocku” (1924 r., 26 cm x 19,7 cm).