Kościół pw. Michała Archanioła wraz z drugim klasztorem bernardynek w Wilnie (po zarzecznym) ufundował na terenie swojego domu Lew Sapieha (zm. 1633), kanclerz i hetman litewski, konwertyta z kalwinizmu, wcześniej wyznania prawosławnego. Z czasem przeznaczył go na swoje mauzoleum oraz dwóch kolejnych żon: Doroty z Firlejów (zm. 1591) i Halszki z Radziwiłłów (zm. 1611). W podziemiach świątyni spoczęli także jego synowie z rodzinami oraz kolejne pokolenia rodu Sapiehów. 

Świątynia położona jest w bezpośrednim sąsiedztwie klasztoru bernardynów, obecnych w Wilnie od 1469 r., oraz funkcjonującego od 1496 r. klasztoru bernardynek tzw. zarzecznych. Stanęła w miejscu, gdzie od 1576 r. pod auspicjami Radziwiłłów bardzo intensywnie rozwijała się parafia kalwińska, co w kolejnym stuleciu doprowadziło do zamieszek, a w końcu do wypchnięcia w 1640 r. kalwinistów poza mury miejskie.  

Architektura   

Kościół wybudowano w konstrukcji ścienno-filarowej, na planie prostokąta, bez wyodrębnionego prezbiterium jako jednonawową świątynię, z wydatnymi przyściennymi filarami podtrzymującymi sklepienie kolebkowe z lunetami, z systemem szkarp opinających elewacje. Fasada kościoła jest dwukondygnacyjna, ujęta smukłymi wieżyczkami wzniesionymi na planie koła, przechodzącego w górnej kondygnacji w sześciobok.  

Kościół wyrasta z inspiracji architekturą Lubelszczyzny przełomu XVI i XVII w., którą tworzyli przede wszystkim przybysze z pogranicza włosko-szwajcarskiego. Świadczą o tym m.in. wątłe wieże, które mają swoje wzorce w świątyni w Uchaniach (1603-1635), a przede wszystkim w kościele jezuitów w Lublinie (po 1584).  

Związku ze środowiskiem lubelskich budowniczych dowodzi też stiukowa dekoracja. Plastycznie uformowane listwy tworzą na sklepieniu skomplikowaną siatkę o narysie promienistym i sieciowym, wyrastającą z pola o kształcie „karo”, gdzie umieszczono herb Sapiehów Lis. Została ona przełamana rysunkiem gwiazd, wieloliści, kołami oraz serc. Wewnątrz wszystkich figur znajdują się rozety, a miejsca przecięcia listew ozdabiają niewielkie guzy z dekoracją roślinną lub napisem IHS. Takie same formy i herb Lwa Sapiehy odnajdziemy w klasztornym refektarzu. 

Dekoracja stiukowa znajduje się także na fasadzie, której ozdobność (fryz roślinno-geometryczny, szczyt z monogramem maryjnym i napisem IHS, liściaste kapitele pilastrów) to efekt „wyjścia” stiuków na zewnątrz budynków, które dokonało się kilka lat wcześniej na Lubelszczyźnie, we wspomnianym kościele w Uchaniach oraz w świątyni w Turobinie (lata 20. XVII w.), autorstwa Jana Wolffa. W jego twórczości widzieć należy też inspiracje w bogactwie układu stiuków sklepienia wileńskiej świątyni.  

Na tle budownictwa Rzeczpospolitej kościół wyróżnia się brakiem wyodrębnionego prezbiterium, zarówno w planie jak i w dekoracji sklepienia. Najpewniej redukcja związana jest z ograniczeniem jego funkcji. Nie była to świątynia parafialna, a bernardynki słuchały mszy ze specjalnie zaaranżowanego pomieszczenia.  

Nagrobek Sapiehy i ołtarz główny 

Zunifikowane wnętrze kościoła pozwoliło na świetnie wyeksponowanie we wnętrzu marmurowego nagrobka Lwa Sapiehy i jego dwóch kolejnych żon Doroty z Firlejów i Elżbiety z Radziwiłłów. Pomnik jest monumentalną, wieloczęściową konstrukcją, którą połączono ze stallami, ustawiając obok ołtarza głównego. Wykonali go w 1629 r. Jan Philippijn Wallon i Wilhelm Pohl z różnokolorowych marmurów. Znajdują się w nim także obrazy ukazujące m.in. archaniołów, Ukrzyżowanie, Boga Ojca oraz gołębicę Ducha Świętego.  

W kościele, w jednym z ołtarzy bocznych, znajdował się także obraz Matki Boskiej Sapieżyńskiej, uważany za cudowny i ukoronowany koronami sprowadzonymi z Rzymu w 1750 r. (obecnie znajduje się w wileńskiej katedrze).  

Dziedziniec  

W 1703 r. z inicjatywy przeoryszy bernardynek Felicjanny (Teofili) Chłusewicz i kaznodziei bernardyńskiego Chryzostoma Łosowskiego wokół kościoła zbudowano zadaszoną galerię do odbywania procesji. Choć jej dach nie zachował się przypominają o niej kolumny, które pierwotnie były zwieńczone figurami świętych. Przeorysza doprowadziła także do przebudowy dzwonnicy (1719-1722). Umieszczono w niej dzwon z łacińską inskrypcją, głoszącą, że w 1731 r. odlał go znany wileński mistrz Andrzej Dorling. Dzwonnicę wieńczy hełm, na którym złocony wiatrowskaz ma kształt Michała Archanioła.