Київська єпархія у 17 столітті 17 століття - час козацьких та московських воєн - було особливо важким часом для Київської єпархії. Гжимултовський договір, укладений у 1686 році, остаточно закріпив за росіянами Київ разом із землями Смоленщини, Чернігівщини, Сіверщини та Лівобережної України. Київська єпархія була звужена до територій на правому боці Дніпра. Позбавлені катедрального собору і змушені покинути Київ військом Хмельницького, католицькі єпископи оселилися в Любліні. У листі до Папи Римського єпископ Анджей Хризостом Залуський (1680-1691) скаржився, що під його владою залишилася лише двадцята частина єпархії. Однак він намагатиметься врятувати те, що залишилося - збиратиме кошти з владою Речі Посполитої, залучатиме чернечі ордени і розпочне спроби, на жаль, безуспішні, побудувати катедру в Білому Церкві.


Житомир як столиця єпархії Потреба в новому катедральному соборі була очевидною, але сприятливий час настав лише після 1711 року, коли, згідно з Прусським мирним договором, Росія відмовилася від своїх претензій на правобережжя України. Колишні мешканці почали повертатися на знелюднілі та спустошені території, а також переселенці з Мазовії та Малопольщі. Відновлення Київської єпархії (історична назва збереглася, хоча Київ перебував у руках Москви), а з 1724 року Києво-Чернігівської єпархії, започаткував єпископ Ян Самуель де Осса Ожга (1723-1756), який обрав Житомиром її столицю.

У Житомирі в 1724-1725 рр. на місці костелу Діви Марії, зруйнованого татарами у 15 ст., було збудовано дерев'яний костел, який освятили у 1726 р. Новий костел не був вдалим - будівля мала конструктивні дефекти. Близько 1732 року єпископ Ожга розпочав власним коштом будівництво нового мурованого костелу, який був освячений у 1746 році. Невдовзі, у 1762 році, розпочала свою роботу і семінарія.

Житомир був містом на межі зіткнення культур і національностей. Численні навали зі сходу та півдня кілька разів майже зрівнювали місто з землею. Переважання дерев'яної забудови робило місто вразливим до пожеж. Одна з найнебезпечніших, під час якої сильно постраждав новий собор, сталася у 1768 році, коли після проголошення Барської конфедерації московське військо зайняло місто, спаливши його дотла. Однак дуже швидко собор було відбудовано.

Другий поділ Польщі 1793 року назавжди відокремив Житомир від Польщі. Київську єпархію тоді очолив єпископ Кацпер Цецішовський (1784-1797). Історія Київської єпархії завершується датою Третього поділу. Остання частина Київської єпархії, Житомирський та Овруцький повіти, були об'єднані з Луцькою єпархією, утворивши Луцько-Житомирську єпархію. Решта колишньої Київської єпархії була передана під управління архиєпископа Могильовського.


1 9 століття

Першим єпископом Луцького і Житомирського був вищезгаданий Кацпер Цінісовський (у 1798-1831 рр.), який, щоправда, переїхав до Луцька, але саме за його правління, у 1801 році, було відбудовано кафедральний собор у Житомирі, який було освячено 30 серпня 1805 року. Приблизно в середині 19 століття біля костелу було збудовано єпископський палац, а наступник Цецішовського, єпископ Міхал Пійніцький (у 1831-1845 роках), переніс до Житомира консисторію та семінарію, які розмістилися в будівлях скасованого у 1842 році бернардинського монастиря. Сьогодні в колишньому єпископському палаці знаходиться Житомирський краєзнавчий музей з колекцією творів мистецтва переважно з колишніх маєтків навколишньої шляхти.


Радянська влада на Житомирщині У 1917 році єпископ Ігнатій Дуб-Дубовський був призначений головою Луцької та Житомирської єпархії. Початок радянської влади на Житомирщині був часом великої анархії і терору, грабунків і реквізицій, репресій, спрямованих також і проти Церкви. У червні 1919 року єпископа Дубовського вигнали з єпископського палацу. Не без труднощів, коли його намагаються схопити радянські агенти, йому вдається дістатися до Луцька. Він знову прибуває до Житомира під час наступу польської армії на Київ. Однак, коли фронт прориває армія Будьонного у червні 1920 року, він назавжди залишає місто. Коли в результаті Ризького договору вся Житомирська єпархія опинилася на радянському боці, Папа Пій XI остаточно розірвав її унію з Люблінською єпархією у 1925 році. Незабаром всі римо- і греко-католицькі єпархії були ліквідовані владою Української Радянської Соціалістичної Республіки.

Стан собору.
Реставраційні роботи Житомирський кафедральний собор зберігся в архітектурному вигляді, остаточно сформованому на рубежі 20 століття. Тодішнє незначне розширення костелу в дусі необароко за проектом видатного архітектора Владислава Домбровського суттєво не вплинуло на зовнішній вигляд храму, який зберігся до наших днів. Не постраждав і єпископський палац 19 століття, незважаючи на спробу підпалу в 1919 році. Кафедральний собор спочатку стояв зачиненим, але згодом був перетворений на музей. Однак в результаті радянської влади та німецької окупації елементи внутрішнього оздоблення, картини, скульптури та літургійні предмети були вилучені або знищені. На щастя, збереглося багато меморіальних дощок, присвячених духовним особам і мирянам, зокрема епітафія композитора і піаніста Юліуша Зарембського, профінансована його родиною і виконана відомим скульптором Анджеєм Прушиньським. Особливо цінною є вже згадана меморіальна дошка з фундаційним написом 1746 року, присвячена єпископу Ожзі.

16 січня 1991 року Папа Іван Павло ІІ відновив римо-католицькі єпархії в Україні, призначивши єпископів у Львові, Кам'янці-Подільському та Житомирі.

У 2013 році у Софійському соборі були завершені роботи по захисту храму від вогкості. На прохання Об'єднання польської громади були надані дотації з Програми Міністра культури і національної спадщини "Захист польської культурної спадщини за кордоном". Проект виконувався під керівництвом доктора Ришарда Юркевича.