Бернардинські монахи були привезені до Вільнюса Казимиром Ягеллоном внаслідок перебування у Кракові св. Івана Капістрана, полум'яного проповідника, який хотів відправити своїх співбратів з місіями до Каунаса та Вільнюса. Для монарха присутність монахів у столиці Великого князівства Литовського була важливою через їхню місіонерську ефективність серед православного литовського і руського населення, а також через їхній престиж, оскільки Папа Римський цікавився їхньою діяльністю і надав їм багато привілеїв, подібних до тих, якими користувалися монахи у Святій Землі. Казимир Ягеллон надав бернардинам ділянку на околиці міста (згідно зі звичаєм ордену), поруч із князівським млином, видавши фундаційний акт 30 IX 1469 р. Це місце не було випадковим, оскільки саме ця місцевість тоді називалася civitas Ruthenica (Руське місто), де стояв православний кафедральний собор, а також менші православні церкви (дерев'яні).

Архітектура

Від першого бернардинського костелу залишився сьогоднішній пресвітерій з тристороннім закритим хором, вікнами з повними арками та ризницею. Тіло костелу, ймовірно, збудоване надто поспішно на сирому ґрунті, почало тріскатися і було знесено у 1500 році. На прохання Олександра Ягеллона, який перебрав опіку над бернардинами від свого батька і якого підтримали Радзивілли, для виконання робіт був найнятий житель Гданська Міхал Енкінджер. Пізніше він збудував для бернардинів ще один костел - Святої Анни у Варшаві.

Зрештою, було споруджено тринефний, п'ятинефний зал з чотирма парами восьмигранних стовпів. Поруч з вівтарем розташована двоповерхова ризниця з типовим для мендиканіанського хору характером. З південного боку до вівтаря примикає вежа. Дві вежі також розташовані на фасаді, який має загострені аркові панелі по обидва боки від великого центрального вікна, прикрашеного маскаронами. Первісний фронтон костелу був ступінчастим (змінений у 1720-30-х роках).

Цегляне оздоблення фасаду, зірчасті, сітчасті та кришталеві склепіння в інтер'єрі мають високу художню цінність. Ці елементи, як і схема залу, видають північно-данцизьке походження. Особливо близькими є рішення францисканського костелу в Гданську (пресвітерія до 1580-х років, зальний корпус до 1514 року).

У 1560 і 1564 роках монастир і костел потерпали від пожеж. Внаслідок цих інцидентів частина склепінь обвалилася і була відбудована у 1577 році.

Готичний живопис

Готичні розписи були відкриті в 1970-х роках і датуються першою половиною 16 століття. Сьогодні їх найкраще видно на північній стіні костелу. Невідомі художники зобразили на них сцени з життя святого Франциска та зародження ордену. На них також можна побачити Страсті Христові та Поклоніння Святому Хресту. На картинах також зображені святі Христофор і Георгій, покровителі Вільнюса і Литви, а також численні символічні фігури і мотиви, пов'язані з францисканськими легендами (наприклад, брат Сильвестр, який виганяє злих духів з Ареццо, святий Антоній, який проповідує рибам).

Меблі в стилі рококо

Між 1763 та 1767 роками монахи-бернардини замовили неполіхромні меблі з ясена та дуба для свого костелу (вівтарі, сповідальні, кафедра, лавки). Хоча після 1945 року, коли костел був закритий, вони були в основному знищені, зараз тривають роботи з реконструкції на основі вцілілих фрагментів та архівних фотографій. Ці реалізації характеризуються високою мистецькою цінністю. Їхній проект розробив невідомий архітектор, а реалізацією займалися, зокрема, Даніеле Джотто, який виготовив головний вівтар, різьбяр по дереву Вільгельм Фрезер (робота над трьома вівтарями і кафедрою), столяри Вінцентій Гольц, Йоганн Карл, Вальтер і Якуб.

Тоді ж було збудовано нову органну перспективу - 31-голосний орган з двома мануалами і педаллю, який існує лише в дещо зміненому вигляді донині. Органобудівником був Микола Янсон, який виготовив інструмент вартістю 9 000 злотих. Спочатку він стояв за головним вівтарем у пресвітерії, оскільки в західній стіні костелу був балкон для сестер Бернардинок Святого Бернарда, які мали свій монастир неподалік (інструмент перенесли на початку 20-го століття). Орган є найстарішою роботою Ніколауса Янсона, відомого органобудівника, можливо, голландського походження, а різьблення по дереву виконали художники, які працювали при вівтарях. У Литві є орган-близнюк у костелі відщепенців кармелітів Матері Божої Скапулярії в Лінкові, який датується 1764 роком.

Навколо святині

Відповідно до своєї чернечої харизми, монахи-бернардини з початку 17 століття розвинули набожність Хресної дороги. Її стації були розміщені на церковному подвір'ї разом з каплицею Святих Сходинок від 1617 року, що відсилає до Санта Скала, збудованої Сикстом V у Римі. Пізніше він був перебудований (1746-1752), з додаванням у 1872 році височенної неоготичної дзвіниці (за проектом Ніколая Чагіна), форма якої була адаптована до костелу Святої Анни, що стоїть поруч з ним.