Założenie kościelno-klasztorne bernardynów w Cytowianach z początku XVII w. wraz z dobudowanymi w kolejnym stuleciu krużgankami - sanktuarium Męki Pańskiej należy do najciekawszych architektonicznych perełek w dawnym Księstwie Żmudzkim, części Wielkiego Księstwa Litewskiego. Znany jest fundator pobożnej fundacji, a także - co rzadkie - jej budowniczy - Tomasz Kacper z Krakowa.

Bernardyni do Cytowian zostali sprowadzeni przez Andrzeja Wołłowicza, chorążego Wielkiego Księstwa Litewskiego i starostę żmudzkiego, który w 1614 r. podarował zakonnikom ziemię i ufundował murowany kościół i klasztor. Wołłowicz zmarł w tym samym roku i został pochowany w kryptach powstającej świątyni. Zdążył jednak spisać testament, w którym przeznaczył dodatkowe fundusze na dalszą rozbudowę i zobowiązał swojego brata - Jarosza (zm. 1643), podkanclerzego litewskiego, do dokończenia prac. W 1619 r. bernardyński gwardian Bernard Szwab podpisał umowę z mistrzem budowlanym Tomaszem Kacprem z Krakowa na budowę kościoła za wynagrodzeniem w wysokości 8 tysięcy zł. Kościół konsekrowano w 1635 r.

W latach 1733-1735 mury świątyni i klasztoru pokryto barokową polichromią. W 1759-1771 podwyższono o kondygnację wieże fasady oraz dobudowano kruchtę. Duże zmiany przyniosły lata 1771-1775, kiedy przed kościołem urządzono plac cmentarny otoczony krużgankami z narożnymi basztkami, gdzie zorganizowano stacje Drogi Krzyżowej, a pośrodku postawiono kaplicę Świętych Schodów. Umieszczono w niej - w stopniach prowadzących ku ołtarzowi Ukrzyżowania grudki ziemi z Jerozolimy, które przywiózł o. Antoni Burnicki przebywający jakiś czas na misjach w Ziemi Świętej. W ten sposób odwołano się do starej tradycji opieki zakonników rodziny franciszkańskiej nad miejscami Męki Pańskiej i do popularyzacji przez nich w Rzeczpospolitej pobożności pasyjnej. 

Wokół klasztoru i kościoła zachowała się także zabudowa folwarczna. Bernardyni w Cytowianach zostali skasowani przez władze carskie po powstaniu styczniowym, w 1864 r.

Kościół pw. Najświętszej Marii Panny w Cytowianach jest orientowaną, trójnawową, czteroprzęsłową bazyliką z półkolistym, czteroprzęsłowym prezbiterium. Pojedyncze, zdwojone pilastry toskańskie w nawie głównej podtrzymują sklepienia kolebkowe z lunetami i gurtami. Ozdobiono je wzorem gwiazd wyciągniętych w tynkowanych żebrach. W prezbiterium sklepienia wsparte są na wspornikach. Sklepienia gwiaździste o oryginalnych, bo rozszczepionych końcach żeber zostały założone w obszernej zakrystii. Ściany prezbiterium dodatkowo wzmocniono od zewnątrz płytkimi arkadami, a ściany naw bocznych wsparto na niewielkich przyporach. Okna świątyni są ostrołukowe z uproszczonym maswerkiem.

Warto podkreślić, że wbrew regułom bernardyńskim, zdecydowano się w Cytowianach na wystawienie dwóch wież w fasadzie, co świadczy nie tyle o zamożności fundacji co o jej wadze w religijnym pejzażu Wielkiego Księstwa Litewskiego. Według kronikarzy klasztornych, wyborowi miejsca pod budowę klasztoru towarzyszyły nadprzyrodzone okoliczności, a w kościele umieszczono obraz Matki Boskiej, który z czasem uznano za cudowny. Wizerunek ten był darem biskupa wileńskiego Eustachego Wołłowicza (1572-1630), brata Andrzeja i Jarosza. Przedstawia on Marię w typie „Salus Populi Romani” (Ocalenie ludu rzymskiego) z bazyliki rzymskiej Santa Maria Maggiore. Był to wizerunek bardzo popularny w okresie kontrreformacji, a kopie wizerunku „Salus Populi Romani” wysłano z Rzymu do najodleglejszych zakątków świata chrześcijańskiego. W Rzeczpospolitej kult Matki Boskiej Śnieżnej był najsilniejszy w pierwszej połowie XVII w. łączył się z kontrreformacją i z zagrożeniem tureckim, które zgodnie z ideą „antemurale christianitatis” (przedmurza chrześcijańskiego) skonkretyzowało się podczas zwycięskiej obrony Chocimia w 1621 r. Jego promocja wiązała się także z dyskusją z protestantami, którzy zakwestionowali kult Maryi i kult cudownych wizerunków.

Przy południowej ścianie kościoła wzniesiono trójskrzydłowy, dwukondygnacyjny klasztor z wirydarzem. W refektarzu - najbardziej imponującej sali - zachowały się sklepienia kolebkowe z lunetami, zdobione siatką żeber. Ponadto w niektórych pomieszczeniach nadal widoczne są portale z wczesnobarokowymi obramowaniami. Na zewnątrz okna zdobią kamienne mury, a skrzydło z klasztorną furtą zwieńczono schodkowym szczytem. 

Architektura kościoła i klasztoru w Cytowianach tylko pozornie jest archaizująca. Jej twórca - Tomasz Kacper z Krakowa oparł się na wzorcach i traktatach z Niderlandów i Niemiec. Znał więc dzieła, które łączyły średniowieczne tradycje z antycznymi propozycjami zza Alp. Warto także podkreślić, że w przypadku fundacji Wołłowiczów jej kontrreformacyjny charakter był widoczny od samego początku. Klasztory bernardyńskie pełniły funkcję ośrodków misyjnych dla ludności półpogańskiej i protestantów, która na przełomie XVI i XVII w. w zasadzie na Żmudzi dominowała. Można więc ostrożnie postawić tezę za badaczem Cytowian, Aleksandrem Stankiewiczem, że architektura ośrodka miała być jak najmniej kojarzona ze stylem „papieskim” - rzymskim czyli wczesnobarokowym. Zadecydowano się odwołać się do architektury postrzeganej jako nowoczesna w wersji gdańskiej i królewieckiej, o italianizujących formach niderlandzkich i niemieckich.

Kilka słów należy poświęcić Tomaszowi Kacperowi vel Kacperowiczowi z Krakowa, który prowadził budowę nie tylko w Cytowianach. Wzniósł on także kościół i klasztor bernardynów w Kretyndze (1603-1619). Był także czynny w Wilnie (przed 1636 - koniec lat 40. XVII w.), gdzie wraz z żoną mieszkał przy ul. Japowej (Švarco g.), pracując m.in. przy pałacu Chodkiewiczów usytuowanym przy ul. Wielkiej.

We wnętrzu kościoła zachowały się wysokiej klasy artystycznej snycerskie, polichromowane na biało i pozłacane ołtarze, ambona, chrzcielnica i organy wykonane w drugiej połowie XVIII w. w stylu tzw. baroku wileńskiego. Ich fundatorami był okoliczna szlachta, stąd część z wyposażenia jest ozdobione herbami. W ołtarzach Na ścianach wiszą obrazy z XVII i XVIII w., w tym portrety Wołłowiczów. Szczególnie cenne są nagrobki, przede wszystkim marmurowy pomnik Andrzeja Wołłowicza z ok. 1640 r. w formie leżącej postaci rycerza, czy też tablice epitafijne Krzysztofa i Andrzeja Kotowskich, poległych w bitwach - odpowiednio pod Łojowem (1651) i Chocimiem (1673). Warto wymienić także klasycystyczne tablice Michała Steckiewicza (zm. 1795) oraz Jana Burby (zm. 1825), fundacji jego ojca Antoniego.

Pośrodku cmentarnych krużganków z malowaną i rzeźbioną Drogą Krzyżową stoi niezwykle ciekawa budowla - kaplica, która mieści Święte Schody. Po przekroczeniu progu wierny znajduje się u stóp „Scala Sancta” (Święte Schody), które wiodą do ołtarza Ukrzyżowania umieszczonego na piętrze. Jest to symboliczne odwzorowanie schodów, które musiał pokonać umęczony Chrystus wchodząc do pałacu Piłata. Budowla jest kopią relikwii Świętych Schodów, które znajdują się w Rzymie, przy bazylice św. Jana na Lateranie. Dwudziestoośmiostopniowe schody z białego marmuru według przekazów i legend zostały przetransportowane z Jerozolimy tak samo jak relikwie Krzyża Świętego czy inne świętości związane z Męką Pańską przez św. Helenę, matkę cesarza Konstantyna Wielkiego.