Домініканці були однією з перших латинських релігійних конгрегацій, які оселилися в Кам'янці-Подільському. Монастир Святого Миколая в Кам'янці-Подільському був другою після Смотрича фундацією домініканців на Поділлі, згаданою в документі польського воєводи Яна з Бжега від 11 травня 1375 р. Однак дата заснування монастиря, безсумнівно, дещо раніша, оскільки в документі монастир у Кам'янці-Подільському згадується вже як важлива для розвитку міста інституція.

Коли перша, дерев'яна церква згоріла, разом з монастирем у 1420 році збудували мурований храм. З 1596 року патронат над єпископським костелом Святого Миколая та домініканським монастирем взяла на себе родина Потоцьких, яка надала фінансову підтримку для відбудови монастирсько-церковного комплексу після руйнувань, спричинених пожежею 1616 року, та спустошень, що сталися під час турецької облоги міста у 1672 році (про турецькі часи нагадує історичний мінбар). Ліквідація монастиря відбулася у 1843 році. - Костел став парафіяльним.

Після руйнувань 20 століття (костел використовувався як склад) та пожежі 1993 року монастирський комплекс відбудовують отці Павліни, які з 1998 року є господарями храму та домініканського монастиря.

З 1999 року в римо-католицькому костелі Під у Кам'янці-Подільському проводяться реставраційні роботи, які фінансуються Міністерством культури і національної спадщини Республіки Польща та Сенатом Республіки Польща.

Були проведені консерваційні роботи у пресвітерії, кам'яному маньєристичному порталі та експертний висновок щодо консервації райдужної арки. Підготовлено також інвентаризаційну документацію на сигнальну будку 18 ст., яка потребує реконструкції після пошкодження під час буревію восени 2002 року. Консерваційні роботи проводилися під керівництвом фахівців з кафедри консервації та реставрації творів мистецтва Академії образотворчих мистецтв у Варшаві.

У 2004р. Міністерство культури і національної спадщини у співпраці з Товариством "Польська громада" профінансувало наступний етап консерваційних робіт, проведених у єпископській церкві св. Миколая під керівництвом Януша Смази з Академії образотворчих мистецтв у Варшаві. Обсяг ремонтно-консерваційних робіт включав закупівлю матеріалів, необхідних для виконання завдання, а також захист райдужної стіни, тобто очищення тріщин і заповнення їх, частково під тиском, в'яжучим різної грануляції.