W 1387 r. Władysław Jagiełło założył pierwszy w Wilnie kościół parafialny pw. św. Jana Chrzciciela. Wezwanie świątyni nie było przypadkowe, a wprost przypominało o misyjnych zadaniach posługujących przy niej kapłanów. Budowla stanęła w pobliżu zamku i wznoszonej równolegle katedry, przy placu, który pełnił pierwotnie funkcje handlowe. Na placu tym, a więc przed kościołem pw. św. Jana Chrzciciela krzyżowały się trakty handlowe. Rozwój miasta sprawił, że centrum bardzo szybko przeniosło się bardziej na południe, na teren dzisiejszego rynku z ratuszem.

Najstarszą częścią świątyni jest wielobocznie zamknięte prezbiterium, które być może powstało jeszcze u schyłku XIV w. W dalszym etapie do 1427 r., kiedy nastąpiła jego konsekracja, wzniesiono bezwieżowy, trójnawowy halowy korpus. W drugiej połowie XV w. zburzono prezbiterium świątyni, by wybudować nowe, dłuższe wraz z halowym obejściem. W efekcie osiągnięto znacznych rozmiarów, monumentalną budowlę dumnie świadczącą o możliwościach finansowych mieszkańców Wilna. Bo też po ustabilizowaniu się sytuacji związanej z Krzyżakami nastąpiło uwolnienie spławnych rzek litewskich. Poprzez swoje położenie Litwa mogła zaspokajać zagraniczne zapotrzebowanie na zboże, drewno, smołę i inne produkty leśne.

Jezuici

Nowy rozdział w dziejach kościoła pw. św. Jana Chrzciciela przyniosła wczesna kontrreformacja, kiedy to biskup wileński Walerian Protasewicz chcąc przeciwdziałać silnym w Wilnie nurtom protestanckim w 1569 r. sprowadził jezuitów, dla których miasto cerkwi i zborów było przyczółkiem do dalszego marszu na Wschód. Zakonnicy otrzymali w opiekę kościół pw. św. Jana Chrzciciela, który stał się centrum życia zgromadzenia w Wielkim Księstwie Litewskim (przekazanie zatwierdził Zygmunt August w 1571). Świątynia została przez nich odnowiona, a pomiędzy gotyckimi szkarpami zaczęto wznosić kaplice, przede wszystkim grobowe, ale też kaplice związane z cechami miejskimi (m.in. kaplica św. Barbary złotników wileńskich). Jezuici przy świątyni zorganizowali w 1570 r. kolegium, które 9 lat później Stefan Batory przekształcił w Akademię. Stała się ona poprzedniczką dzisiejszego Uniwersytetu Wileńskiego, jednego z najstarszych w tej części Europy.

Pierwszym rektorem Akademii Wileńskiej na kilka zaledwie miesięcy został Jakub Wujek, tłumacz Biblii na język polski, zastąpiony wkrótce przez słynnego kaznodzieję Piotra Skargę, który stał się właściwym organizatorem uczelni. Z początkiem XVII w. inny jezuita – Paweł Boksza, architekt-amator zaprojektował pierwszą nowożytną fasadę kościoła pw. św. Jana Chrzciciela, a prace prowadził inny zakonnik Jan Frankiewicz.

Rokokowa perełka

Kolejne, duże zmiany wiązały się z serią pożarów Wilna w pierwszej połowie XVIII w., po których jezuici zlecili Johannowi Christophowi Glaubitzowi przebudowę kościoła. Architekt pracując nad realizacją w latach 40.-60. XVIII w. nadał gotyckiej, monumentalnej budowli prawdziwie barokowo-rokokowy kształt o wysokich walorach artystycznych. Uwagę poświęcono obu elewacjom, od dziedzińca Akademii i od ul. Zamkowej. Pierwsza otrzymała dwukondygnacjową, kolumnową, dynamiczną i światłocieniową strukturę, a druga lekką, wyniesioną wysoko z dekoracją roccailową, widoczną w wielu odsłonach z różnych miejsc Wilna. Podobnie ważną w pejzażu miasta funkcję ma wolnostojąca wieża-dzwonnica (68 m) przebudowana przez Glaubitza po 1737 r. Jest to budowla pięciokondygnacjowa, na planie kwadratu, z tarasem widokowym, której metryka sięga pierwszej ćwierci XVII w.

Glaubitz zaprojektował także rozbudowaną, kulisową dekorację prezbiterium i obejścia składającą się w sumie z dziesięciu murowanych i marmoryzowanych ołtarzy ze stiukowymi figurami oraz kolejnymi, które ustawiono w korpusie świątyni (zniszczone w 1827, figury przeniesione na konsole przy filarach nawy głównej). Powstały one w latach 1744-1745. Zadanie architekta było trudne, bowiem forma artystyczna musiała wyrażać treści związane z wezwaniem kościoła, kultem figury Matki Boskiej Loretańskiej oraz funkcją świątyni zakonnej – jezuickiej i akademickiej, ale także parafialnej. Architekt zaproponował więc dwa pierścienie ażurowych ołtarzy, które połączył niespokojną linią, a w ich strukturę wplótł ukośnie ustawione kolumny na tle pilastrów, które posadził na mocnych, wybrzuszonych cokołach. Na osi zostały one spięte ołtarzem Matki Boskiej Loretańskiej oraz ołtarzem głównym, gdzie ustawiono figury świętych Janów. W obu przypadkach dekoracja stiukowa ołtarzy wchodzi na sklepienie (Domek Loretański, Trójca Święta w obłokach)

Świątynia po II wojnie światowej została zamknięta. Obecnie pełni podwójną rolę: jest i muzeum i miejscem kultu związanym ze społecznością akademicką Uniwersytetu Wileńskiego.