W czasie II wojny światowej wieś ta, leżąca na skraju Puszczy Rudnickiej, była stale niepokojona przez partyzantów sowieckich. W pewnym momencie, w celu przeciwdziałania grabieżom i napaściom, zorganizowano tam samoobronę pod egidą administracji litewskiej. W odwecie sowiecka partyzantka ukarała wieś, dokonując 29.01.1944 r. jej pacyfikacji, podczas której zamordowano co najmniej 38 osób, w tym kobiety i dzieci, a wieś spalono. W skład zgrupowania radzieckiego, biorącego udział w napaści, wchodził między innymi oddział partyzantki żydowskiej. Ofiary pochowano na miejscowym cmentarzu w grobach pojedynczych i rodzinnych, niektórzy spoczęli na cmentarzu w Butrymańcach oraz w Bieniakoniach (obecnie na Białorusi). Przez wiele lat mogiły pozostawały zaniedbane. Wobec rozproszenia grobów ofiar tej pacyfikacji w różnych lokalizacjach, w 2004 r. Rada Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa upamiętniła zamordowanych cywili, wznosząc tuż obok cmentarza w Koniuchach granitowy krzyż z inskrypcją i ustalonymi nazwiskami ofiar. Napis na pomniku brzmi: "Pamięci mieszkańców wsi KONIUCHY mężczyzn, kobiet i dzieci zamordowanych w nocy 29 stycznia 1944 roku podczas napadu oddziałów partyzantki sowieckiej z Puszczy Rudnickiej". Poniżej wyryto tekst litewski: "KANIUKU kaimo gyventojamsvyrams, moterims, vaikams,kuriuos 1944 metu sausio 29 nakti,antpuolio metu nužudesovietiniai partizanaiiš Rudninku Giriosatminti". Pod nim znajdują się nazwiska 38 ofiar.