Podczas II wojny światowej Niemcy zajęli Wilno 24.06.1941 r. Wkrótce wykorzystali teren niedokończonej bazy płynnych paliw w pobliżu stacji kolejowej w podwileńskich Ponarach do szeroko zakrojonej akcji eksterminacyjnej. W ciągu trzech lat, od lipca 1941 r. do lipca 1944 r. wymordowali tu ponad 100 tys. osób.
Przyjmuje się, że w Ponarach zgładzono ok. 70 tys. osób pochodzenia żydowskiego: wileńskich Żydów oraz uciekinierów z centralnej Polski.
Wśród ofiar egzekucji w Ponarach byli Polacy z Wileńszczyzny. Prawdopodobnie zamordowano ok. 1600 osób narodowości polskiej, ale udało się ustalić nazwiska tylko ok. 300 z nich. Ginęli oni jako przeciwnicy polityczni, którzy stawiali opór najeźdźcy. Wśród Polaków najliczniejszą grupę zamordowanych w Ponarach stanowiła młodzież działająca w Związku Wolnych Polaków oraz inteligencja: m.in. trzech profesorów Uniwersytetu im. Stefana Batorego: Kazimierz Pelczar, Mieczysław Gutkowski i Mieczysław Engiel.
Z powodu szybkiego zapełnienia wydzielonego terenu zwłokami ofiar, a także w celu zatarcia śladów zbrodni, Niemcy zorganizowali akcję palenia tych szczątków. Popioły powstałe w wyniku palenia zwłok rozsypywano w okolicy.
Zaraz po wojnie w Ponarach ustawiono drewniany krzyż ku czci zamordowanych tu Polaków, ale w 1952 r. został on zniszczony. Również upamiętnienie pomordowanych Żydów, wzniesione tuż po wojnie, zostało zniszczone przez władze sowieckie. W 1948 r. Sowieci wystawili obelisk z pięcioramienną gwiazdą i lakoniczną inskrypcją. Przez wiele lat miejsce to pozostawało zapomniane i zaniedbane. Dopiero po 1980 r. zaczęto stopniowo porządkować teren. Wówczas ustawiano upamiętnienia poświęcone ofiarom różnych narodowości oraz otwarto ekspozycję muzealną.
W 1990 r. został ponownie wzniesiony krzyż ku czci polskich ofiar. U jego podnóża umieszczono granitową tablicę z inskrypcją: „1941-1944 / Pamięci wielu tysięcy Polaków zamordowanych w Ponarach. W hołdzie Rodacy Ziemi Wileńskiej. Wieczny odpoczynek racz im dać Panie, a światłość wiekuista niechaj im świeci. Amen”. Stowarzyszenie Rodzina Ponarska, skupiające rodziny pomordowanych Polaków, doprowadziło w 2000 r. do rozbudowy tego upamiętnienia według projektu architekta Jarosława Skrzypczyka, co zostało sfinansowane przez Radę Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa. Wówczas na wewnętrznym murze, wyznaczającym zasięg polskiego upamiętnienia, umieszczono tablice z inskrypcją główną: „Żołnierze Armii Krajowej, Polskiego Państwa Podziemnego, polska inteligencja i młodzież, którzy oddali życie za wolność ojczystej ziemi. Cześć ich pamięci. Rząd Rzeczypospolitej Polskiej” // „Armijos Krajovos, Lenkijos valstybes pogrindżioLenku inteligentija ir janunimas,paaukoję gyvybę uż gimtosios żemes laisvę, garbe ju atminimui Lenkijos Respublikos Vyriausybe” oraz tablice z ustalonymi nazwiskami ofiar, które kilka lat później uzupełniono o kolejne pozyskane dane. Przy wejściu na teren polskiej kwatery znajdują się tablice z napisami: „POLSKA KWATERA WOJENNA 1941 – 1944” // „LENKU KARIU KARAVIETE 1941 – 1944”.