Історія Вільнюського університету вже понад двісті років нерозривно пов'язана з орденом єзуїтів, який ще у 1565 році задумав заснувати університет у столиці Великого князівства Литовського.

Спочатку орден хотів обрати своїм головним центром Краків, але в результаті протидії керівництва Ягеллонського університету та після заохочення Стефана Баторія єзуїти обрали Вільнюс. Його розташування полегшувало здійснення місій у прилеглі східні райони з переважно православним віросповіданням, а також мало на меті "обійняти Москву, Китай і Тартарію". Той факт, що Вільнюс на той час був центром сильного протестантського руху у Великому князівстві Литовському, також мав мобілізуючий вплив на монастирську верхівку. Додатковим сприятливим фактором була відсутність у Вільнюсі університетів, що, в свою чергу, давало можливість розвинути освітній центр для литовських земель.

Єзуїти прибули до Вільнюса у 1568 році, і завдяки неабиякій допомозі короля Сигізмунда Августа та віленського єпископа Валеріана Проташевичуса отримали у власність парафіяльний костел Святого Івана, який став головною святинею ордену на майже два століття. Описуючи будівлю віленського ансамблю в листі до орденського генерала в 1570 році, австрійський провінціал зазначив, що "не знає в Італії колегіуму, який міг би з нею зрівнятися". За короткий час школа, якою керували монахи, почала впливати на всю провінцію (включно з Мазовією та Варшавою).

Стефан Баторій, великий поборник єзуїтів, затвердив акт заснування університету в 1579 році, а булла Папи Григорія XII, що санкціонувала перетворення колегії на університет, вказувала, що його структура має бути побудована за зразком римського колегіуму. Першим ректором став Станіслав Вєршевицький, потім Якуб Вуєк, а з 1579 року - Пьотр Скарга. Віленський університет досяг дуже високого рангу, перебравши на себе роль, яку раніше відігравали Краківська та Кенігсберзька академії. Були створені нові факультети, зведені нові університетські будівлі, сотні випускників покинули його стіни. Діяльність університету включала створення астрономічної обсерваторії, розвиток хімічного факультету, театру та друкарні. У 1782 році, після реформ, проведених А. Почобутом-Одланицьким за розпорядженням Комісії народної освіти, Віленська академія була перетворена на Головну школу Великого князівства Литовського.

У результаті змін у структурі викладання в Російській імперії у 1803 році вона була перетворена на Імператорський Віленський університет. Це був найбільший університет у всій країні, а працюючі професори зробили його центром наукового і культурного життя не лише земель, що були розділені Російською імперією. Протягом багатьох років куратором був А.Я. Чарторийський, ректором (1806-1814) - Ян Снядецький, а серед викладачів - проф: С.Б. Юндзілл, Єнджей Снядецький, Г.Е. Гроддек, І. Данієвич, Я. Голуховський, І. Данієвич, Я. Лелевель, М. Бобровський, Я. Франк. Цей найблискучіший період в історії університету був перерваний обмеженнями Миколи І після Листопадового повстання. Тоді університет закрили, обмеживши можливість навчання до створених Медико-хірургічної академії та Богословської академії, які також були закриті через десять років.

У 1919 році польська влада відновила університет під назвою Вільнюський університет імені Стефана Баторія з шістьма факультетами, на яких працювали такі видатні професори, як: Л. Коланковський, С. Кощалковський, Г. Ловмянський, С. Сребрний, Я. Отрембський, О. Хоминський, В. Ташицький, Г. Турська.

З 1939 року Вільнюський університет функціонує як литовський, а значна частина польського професорсько-викладацького складу переїхала до Торуня, де стала співзасновником Університету ім. М. Коперника. Сьогодні значна частина будівель колишньої єзуїтської академії все ще виконує свої навчальні функції, а Вільнюський університет є найбільшим університетом Литовської Республіки.