Dzieje wileńskiego uniwersytetu przez ponad dwieście lat związane były nierozerwalnie z zakonem jezuitów, w którym już w roku 1565 pojawił się zamysł utworzenia wyższej uczelni w stolicy Wielkiego Księstwa Litewskiego.

Początkowo zakon chciał za swój główny ośrodek obrać Kraków, w wyniku jednak sprzeciwu władz Uniwersytetu Jagiellońskiego i po zachętach ze strony Stefana Batorego jezuici wybrali Wilno. Jego położenie ułatwiało przeprowadzanie misji skierowanych  na pobliskie, wschodnie obszary z dominującym prawosławiem, a także miało „objąć Moskwę, Chiny i Tartarię”. Również fakt, iż Wilno stanowiło wówczas centrum silnego w Wielkim Księstwie Litewskim ruchu protestanckiego, podziałał mobilizująco na zakonnych zwierzchników. Dodatkowym sprzyjającym czynnikiem był brak w Wilnie szkół wyższych, co z kolei dawało możliwości rozwinięcia ośrodka edukacyjnego dla ziem litewskich.

Jezuici przybyli do Wilna w roku 1568 i przy wybitnej pomocy króla Zygmunta Augusta i biskupa wileńskiego Waleriana Protaszewicza otrzymali kościół farny pw. św. Jana, który stał się na prawie dwa wieki główną świątynią zakonu. Austriacki prowincjał, opisując budynek zespołu wileńskiego w liście z roku 1570 do generała zakonu, stwierdził, iż „ nie zna kolegium w Italii, które mogłoby mu dorównywać”. W krótkim czasie szkoła prowadzona przez zakonników zaczęła oddziaływać na całą prowincję (także Mazowsze z Warszawą).

Stefan Batory, wielki propagator jezuitów, zatwierdził w roku 1579 akt erekcji uniwersytetu, a bulla papieża Grzegorza XII, zezwalająca na przekształcenie kolegium w uniwersytet wskazywała, iż jego struktura miała być wzorowana na Kolegium Rzymskim. Pierwszym rektorem został  Stanisław Wierszewicki, po nim Jakub Wujek, a od roku 1579 – Piotr Skarga. Uczelnia wileńska uzyskała bardzo wysoką rangę, przejmując rolę, jaką dotąd ogrywały Akademie Krakowska i Królewiecka. Powstawały nowe wydziały, wznoszono kolejne zabudowania uczelniane, których mury opuszczały setki absolwentów. W ramach działalności uczelni powstało obserwatorium astronomiczne, rozwijał się wydział nauk chemicznych, funkcjonował teatr i drukarnia. W roku 1782, po reformach przeprowadzonych przez A. Poczobuta-Odlanickiego na polecenie Komisji Edukacji Narodowej, Akademię Wileńską przekształcono w Szkołę Główną Wielkiego Księstwa Litewskiego.

W wyniku zmian struktury nauczania w Cesarstwie Rosyjskim przekształcono ją w roku 1803 w Cesarski Uniwersytet Wileński. Była to największa w całym kraju uczelnia wyższa, a pracujący profesorzy sprawili, iż stał się on centrum życia naukowego i kulturalnego nie tylko ziem zaboru rosyjskiego. Przez długie lata kuratorem był A.J. Czartoryski, rektorem (1806–1814) Jan Śniadecki, a do grona wykładowców należeli m.in.: S.B. Jundziłł, Jędrzej Śniadecki, G.E. Groddeck, I. Danielewicz, J. Gołuchowski, I. Daniłowicz, J. Lelewel, M. Bobrowski, J. Frank. Ten najświetniejszy okres w dziejach uczelni przerwały restrykcje Mikołaja I po powstaniu listopadowym. Wówczas zamknięto uniwersytet, ograniczając możliwość nauki do powołanych Akademii Medyko-Chirurgicznej oraz Teologicznej, które po dziesięciu latach również zlikwidowano.

W roku 1919 władze polskie reaktywowały uczelnię pod nazwą Uniwersytet Stefana Batorego w Wilnie z sześcioma wydziałami, na których wykładali wybitni profesorowie, m.in.: L. Kolankowski, S. Kościałkowski, H. Łowmiański, S. Srebrny, J. Otrębski, O. Chomiński, W. Taszycki, H. Turska.

Od roku 1939 Uniwersytet Wileński działa jako uczelnia litewska, a duża część polskiej kadry wykładowej przeniosła się do Torunia, współtworząc Uniwersytet im. M. Kopernika. Obecnie znaczna część zabudowań dawnej akademii jezuickiej nadal pełni swe dydaktyczne funkcje, a uniwersytet wileński jest największą uczelnią w Republice Litewskiej.