Początkowo ulokowano ich w jednej z kamienic przy rynku, której właścicielką była Zofia Hanel. Ona też podarowała działkę pod budowę kaplicy. Drugim fundatorem był hetman wielki koronny Stanisław Żółkiewski. Ta pierwsza budowla powstała w roku 1594. Od początku jednak kaplica miała charakter czasowy. Prowadzono starania o uzyskanie dodatkowych gruntów pozwalających na budowę murowanego kościoła. 

Po długich staraniach w 1610 r. jezuici otrzymali sąsiednią działkę od kapituły lwowskiej. Pozwoliło to na rozpoczęcie inwestycji, w lipcu tego roku wmurowano kamień węgielny. Jak się okazało, nie rozwiązało to jednak całkiem problemów związanych z terenem budowy. Prace budowlane trzeba było bowiem przerwać w 1614 r. na cztery lata w związku z pozwem sądowym dotyczącym własności przekazanego gruntu.

Budowa

Rozpoczęcie i prowadzenie budowy możliwe było dzięki wsparciu wielu fundatorów, w tym Elżbiety Sieniawskiej. Pierwszy projekt został przygotowany przez nieznanego nam architekta, zapewne jezuitę. Później, od 1613 r., pracami kierował Sebastian Lamchius (1575-1622), aż do czasu ich przerwania w 1614 r. Po ich wznowieniu w roku 1620 włoski jezuita Giacomo Briano (1589-1649) zmienił projekt kościoła, wzorując się na rzymskim kościele Il Gesù.

Budowę ukończono w latach 1629-1630. 5 listopada 1630 r. arcybiskup Jan Andrzej Próchnicki dokonał konsekracji świątyni, wnosząc do niej Najświętszy Sakrament. Prace wykończeniowe i dekoracyjne trwały do 1659 r. 

Obraz Matki Bożej Pocieszenia i krucyfiks Pfistera

W kościele znalazły się dwa ważne dzieła przeniesione z dawnej kaplicy - uchodzący za cudowny obraz Matki Bożej Pocieszenia, będący kopią obrazu z rzymskiej bazyliki Matki Boskiej Śnieżnej. Wykonano go około roku 1570 na prośbę generała jezuitów, św. Franciszka Borgiasza. W 1636 r., w podzięce za otrzymane łaski, wykonano srebrną, bogato złoconą sukienkę obrazu, zdobioną drogimi kamieniami. 

Obraz przeszedł też do historii jako ten, przed którym po raz pierwszy wypowiedziano wezwanie Regina Poloniae, a także odbyło się pierwsze nabożeństwo majowe w 1837 r. Oficjalnie obraz został uznany za cudowny w 1842 r. W 1946 r. jezuici, opuszczając Lwów, zabrali go ze sobą najpierw do Krakowa, a następnie do Wrocławia.

Drugim ważnym dziełem, które znalazło się w kościele, był krucyfiks wykonany najprawdopodobniej przez lwowskiego rzeźbiarza Jana Pfistera. Była to fundacja Katarzyny Wolbertowej z 1616 r., pierwotnie umieszczony w drewnianym ołtarzu.

Architektura

Kościół zbudowano pod murem obronnym, z ołtarzem głównym w absydzie od strony zachodniej i fasadą oraz wejściem od wschodniej strony ul. Szpitalnej św. Ducha. Mury świątyni wykonano z kamienia ciosanego i cegły. Jest to monumentalna budowla o długości 41 metrów, wysokości 26 metrów i szerokości 22,3 metra. Mieści 3,5 tysiąca ludzi w nawach i dodatkowo 1,5 tysiąca na galeriach (emporach). 

Wnętrze świątyni jest bazyliką o trzech nawach z monumentalną nawą główną zakończoną trójboczną absydą z ołtarzem głównym. Nawy boczne są węższe i niższe, oddzielone od nawy głównej arkadami wspartymi na potężnych filarach. Nad nawami bocznymi zbudowano empory, które połączono z budynkiem kolegium i chórem muzycznym.

Fasada wschodnia świątyni wyróżnia się bogactwem zdobień. Szeroki gzyms i architraw dzielą ją na dwie kondygnacje, dolną zdobi sześć monumentalnych pilastrów. Między nimi znajdują się trzy wejścia do kościoła, podkreślone portalami. Fasada jest ozdobiona czterema niszami z posągami świętych jezuitów, kwadratowymi i prostokątnymi polami oraz dekoracyjnymi portalami bocznymi i oknami.

Rozwój i zmiany (XVII-XVIII w.)

W XVII i XVIII w. kościół pozostawał pod opieką rodziny Jabłonowskich i był miejscem wielu ważnych uroczystości, takich jak pogrzeby hetmana Stanisława Jabłonowskiego w 1703 r. i biskupa Samuela Ożgi w 1756 r. oraz uroczystości kanonizacyjne św. Stanisława Kostki i św. Alojzego Gonzagi w 1727 r. 

Na początku XVIII w. wzniesiono wysoką dzwonnicę (budowniczym był członek cechu murarzy miasta Lwowa Walenty Godny). Liczyła ona około 100 metrów i była najwyższa we Lwowie. W 1754 r. zainstalowano na niej zegar. W 1734 r. pożar zniszczył część świątyni.

Jej odbudowa była możliwa dzięki wsparciu biskupa Samuela Ożgi i Elżbiety z Potockich Szczuczyny. W 1736 r. pozłocono ołtarz św. Piotra i Pawła, a w 1738 r. Franciszek Eckstein z Brna na Morawach rozpoczął dekorację freskami. Ukończył Akademię św. Łukasza w Rzymie. Wykonał on fresk na sklepieniu nawy głównej o rozbudowanym programie ikonograficznym z przedstawieniem św. Pawła jako apostoła narodów, widzimy na niej postaci zgrupowane po czterech stronach globu oraz cztery sceny: „Św. Piotr wśród kalek”, „Kazanie św. Piotra”, „Przekazanie kluczy św. Piotrowi”. 

Nad chórem muzycznym umieszczony został fresk „Apoteoza św. Ignacego Loyoli” w otoczeniu świętych jezuickich. Wreszcie na sklepieniu znalazły się herby fundatorów. Po jego śmierci w 1741 r. prace kontynuował jego syn Sebastian, który wykonał malowidła w nawach bocznych m.in. z przedstawieniami panoramy Lwowa symbolicznie obleganego przez Turków i chronionego wstawiennictwem świętych. Znaleźć można tutaj także sceny związane z historią zakonu.

W tym samym okresie, a dokładnie w latach 1736-1737, rzeźbiarz Tomasz Hutter wraz z Konradem Kutschreiterem wykonali sześć ołtarzy bocznych do kościoła. Ołtarz główny wykonał natomiast Sebastian Fessinger. Kolejne dwa ołtarze boczne zrealizowano w latach 1754 i 1759.

W kościele znajduje się cenny zespół epitafiów i nagrobków rodziny Jabłonowskich:

• płyta epitafijna Marianny z Kazanowskich Jabłonowskiej (zm. 1687), żony Stanisława Jana;
• płyta epitafijna Aleksandra Jabłonowskiego (zm. 1723);
• nagrobek ks. Jana Prusa Jabłonowskiego, miecznika koronnego (zm. 1647) i Jana Stanisława Jabłonowskiego (zm. 1731), wojewody ruskiego;
• epitafium Marii Joanny z Potockich Jabłonowskiej (zm. 1726).
   

W kolejnych latach planowano wieżę kościelną przekształcić na obserwatorium astronomiczne, jednak w 1773 r., po rozwiązaniu Towarzystwa Jezusowego przez papieża Klemensa XIV, kościół i pozostałe dobra jezuitów lwowskich, przekazano różnym instytucjom. Kościół oddano najpierw pod jurysdykcję wydziału teologicznego, a następnie kapituły lwowskiej, przede wszystkim z przeznaczeniem dla młodzieży uniwersyteckiej.

Renowacje i przemiany (XIX-XX w.)

Jezuici powrócili do Lwowa w 1820 r., odzyskali kościół w 1836 r., jednak zostali wygnani w okresie Wiosny Ludów w 1848 r., by powrócić cztery lata później. W XIX w. kościół przeszedł też kilka remontów i renowacji. W roku 1830 decyzją władz austriackich rozebrano wieżę kościelną. 

Najważniejsze prace renowacyjne miały miejsce pod kierunkiem Karola Stoplera w 1879 r. i polegały na restauracji fresków w nawie głównej, następne przeprowadzono w roku 1891. 

Kolejna konserwacja fresków miała miejsce w XX w. i rozpoczęła się w 1928 r. Prace prowadzone były przez Jerzego Janischa przy pomocy inż. arch. Tadeusza Wojciechowskiego i pana Lisikiewicza. Podczas ich wykonywania odkryto na sklepieniu sygnaturę Franciszka Ecksteina.

W trakcie I wojny światowej w 1919 r. kościół został uszkodzony przez pocisk artyleryjski. W 1939 r. zaś ponownie przez niemiecką bombę, która uszkodziła sklepienie w prezbiterium.

Po 1990 r.

Od momentu, gdy Lwów znalazł się w granicach dawnego ZSRR, nie przeprowadzano w kościele żadnych istotnych prac remontowych ani renowacyjnych, poza prowizorycznymi naprawami dachu, koniecznymi z powodu uszkodzeń powstałych podczas działań wojennych. 

Kolejne prace przeprowadzono dopiero w 1959 r. Kościół początkowo służył jako magazyn, a w latach 70. XX w. został przekształcony w magazyn książek. Według szacunków przechowywano tam około 2 300 000 woluminów, w tym część zbiorów lwowskiego Ossolineum.

W roku 2010 kościół przeszedł na własność Kurii Archidiecezji Lwowskiej Ukraińskiego Kościoła Greckokatolickiego. Od grudnia 2011 r. rozpoczęto odprawianie w kościele nabożeństw. Stan zachowania kościoła był bardzo zły. 

W roku 2012 rozpoczął się pierwszy etap prac konserwatorskich, polegający na szczegółowej analizie stanu zachowania. Jednym z najważniejszych elementów jest skomplikowana i długotrwała konserwacja malarskiego arcydzieła Franza-Franciszka i Sebastiana, ojca i syna Ecksteinów. 

W roku 2015 rozpoczęto pierwszy etap prac przy konserwacji fresków w prezbiterium, prace trwały do roku 2017. Następnie rozpoczęto prace na sklepieniu nawy głównej, które zakończono w roku 2023.

Cały proces konserwacji dofinansowany jest m.in. przez polskie Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego oraz Urząd Marszałkowski Województwa Małopolskiego, a od 2018 r. również przez Instytut Polonika. Polsko-ukraińskim zespołem konserwatorów kieruje dr Paweł Boliński z Akademii Sztuk Pięknych w Krakowie.

Kalendarium

• 1584 - sprowadzenie do Lwowa jezuitów;
• 1594 - budowa drewnianej kaplicy;
• 1610 - rozpoczęcie budowy murowanego kościoła według projektu nieznanego architekta zakonnego, fundacja kolegium jezuitów przez Elżbietę Sieniawską;
• 1620 - nowy plan budowy kościoła;
• 1634 - pierwsza wymiana dachu (z krytego gontem na blachę);
• 1636-1637- tynkowanie kościoła wewnątrz i na zewnątrz. Wnętrze ozdobiono stiukami i malowidłami;
• 1640 - konsekracja pw. św. Piotra i Pawła;
• 1647 - zawarcie kontraktu na budowę ołtarza głównego;
• 1696 - pobielenie wnętrza kościoła i odnowienie malowidła na sklepieniu; wybito nowe okna w nawie i emporze od strony północnej;
• 31 sierpnia 1734 - pożar;
• 1738-1741 - realizacja fresków przez Franciszka i Sebastiana Ecksteinów;
• 1753 - dach pokryty blachą miedzianą;
• 1765 - wichura zrywa dach świątyni;
• 1773 - kasata zakonu jezuitów;
• 1830 - obniżono wieżę przy prezbiterium, która groziła zawaleniem;
• 1836 - świątynia zwrócona zakonowi;
• 1842-1845 - prace przy restaurowaniu zewnętrznych murów budowli;
• 1855 - restauracja fasady;
• 1868-1870 - konserwacja naw bocznych;
• 1870 - ponownie wymieniono pokrycie dachu;
• 1879 - restauracja fresków przez Karola Stoplera;
• 9 stycznia 1919 - dach i sklepienie przebite pociskiem artyleryjskim podczas walk z Ukraińcami. Freski zostały uszkodzone, ale ładunek na szczęście nie wybuchł;
• 1926 - kościół uzyskał nowe oświetlenie;
• 1928 - renowacja malowideł przeprowadzona przez Jerzego Janischa;
• 1933-1934 - konserwacja fresków;
• 12 września 1939 - dach spalony podczas walk, uszkodzenie sklepienia prezbiterium;
• 1940 - kościół przerobiony na magazyn (od lat 70. XX w. książek)
• 6 grudnia 2011 - kościół konsekrowany jako cerkiew garnizonowa greckokatolicka pod dawnym wezwaniem św. Piotra i Pawła;
• 2015 - rozpoczęcie prac konserwatorskich malowideł na sklepieniu prezbiterium i nawy głównej.