W 1592 polscy studenci z Uniwersytetu w Padwie postanowili, że chcieliby zbudować w bazylice św. Antoniego polską kaplicę i kryptę. Franciszkanie zarządzający bazyliką powierzyli im przestrzeń w północnej nawie kościoła. Kaplice poświęcono w 1607 i nazwano imieniem św. Stanisława.
Przy ołtarzu można odnaleźć siedem nagrobków i epitafiów, upamiętniających:
- Stefana Ubaldiniego, naukowca ze Lwowa,
- Stanisława Mińskiego, zmarłego w 1607 r., doradcę króla Zygmunta III i delegata do papieża Klemensa VIII w sprawie kanonizacji Jacka Odrowąża,
- Aleksandra Kazimierza Sapiehę, który zmarł w 1619 r. (epitafium),
- Krzysztofa Sapiehę, podczaszego wielkiego litewskiego, który zmarł w 1637 r. (epitafium),
- Stanisława Fritznekiera, doktora filozofii i medycyny,  który zmarł w 1690 r.

Ponadto w kaplicy można zobaczyć: 
- płytę fundacyjną krypty i ołtarza Św. Stanisława z 1607 r.,
- płytę upamiętniającą powstanie Kaplicy Polskiej św. Stanisława w 1899 r.,
- płytę z napisem dewocyjnym z krypty i ołtarza polskiego z 1607 r.,
- dwa brązowe popiersia: Erazma Kretkowskiego (1558) i Jana III Sobieskiego (1905).
W Bazylice jest przechowywana buława podarowana przez Jana III Sobieskiego z około 1560 roku.