W 1913 r. ukończył Akademię Sztuk Pięknych w Krakowie, gdzie był uczniem J. Mehoffera, J. Wojnarskiego, J. Bukowskiego. Na Uniwersytecie Jagiellońskim studiował historię sztuki u profesorów Mariana Sokołowskiego i Jerzego Mycielskiego. W latach 1921-1939 tworzył grafiki, exlibrisy, zajmował się zdobnictwem książkowym. O jego karierze wojskowej, niczym o życiu równoległym z twórczością artystyczną, dowiadujemy się z publikacji „W kraju i w świecie - kartki z życiorysu” (Krzysztof Ludwik Birkenmajer - Muzeum Historii Polski).

Alfred Józef Birkenmayer walczył jako artylerzysta w I Brygadzie Legionów Józefa Piłsudskiego (1914-1918), był komendantem Podkarpackiego Obwodu Polskiej Organizacji Wojskowej i uczestniczył w walkach o Małopolskę Wschodnią. Jako oficer służby czynnej walczył też w wojnie polsko-sowieckiej 1920 r. i w trzecim powstaniu śląskim. W randze kapitana, później majora artylerii, działał w służbie dyplomatycznej (m.in. w Berlinie). Był dwukrotnie posłem na Sejm RP, redaktorem naczelnym „Polski Zbrojnej”, dyrektorem agencji telegraficznej Ekspress, wicedyrektorem Ligi Obrony Powietrznej Państwa i dyrektorem Polskiego Radia. Uczestniczył jako oficer służby czynnej w kampanii wrześniowej, a następnie przez Rumunię dotarł do Casablanki, gdzie w czasie wojny był konsulem i szefem wywiadu wojskowego.

W 1942 r. Birkenmayer znalazł się w Kanadzie i powrócił do twórczości artystycznej. W latach 1942-1949 pracował w Ottawie jako naczelny artysta w firmie rytowniczo-brązowniczej Pritchard-Andrews Co. Projektował tablice i medale okolicznościowe. Wykonał między innymi tablice pamiątkowe dla poległych w czasie wojny żołnierzy kanadyjskich. Zaprojektowane przez Birkenmayera tablice ku czci kanadyjskich lotników niosących pomoc Polsce, zawisły w kaplicy bazy lotniczej w Ottawie, jak również w Warszawie, na frontowej ścianie szpitala wojskowego.

W 1949 r. artysta objął stanowisko naczelnego rysownika w firmie brązowniczo-rytowniczej Bernard Cairns Ltd. i przeniósł się do Toronto. W 1951 r. rozpoczął samodzielną działalność, głównie graficzną, wykonując ilustracje dla wydawnictw kanadyjskich i polonijnych. W 1953 r. przygotowana została w Hart House w Toronto Wystawa Sztuki Kościelnej, na której Birkenmayer wystawił akwarelę „Matka Boska Ostrobramska”. Artysta wziął udział w wystawie sztuki polskiej zorganizowanej w 1957 r. w ramach Tygodnia Polskiego. W tym samym roku artysta przekazał Instytutowi Polskiemu dziesięć reprodukcji starych polskich sztychów z XVIII-XIX w., które zakupił w antykwariacie w Toronto.

Na początku lat 60. artysta, ze względu na stan zdrowia, wycofał się z prac artystycznych i oddał się rzeczoznawstwu dzieł sztuki oraz konserwacji obrazów. Propagowaniem twórczości Birkenmayera zajmowała się Bronka Michałowska, która w swoim prywatnym archiwum przechowywała wiele prac artysty.

Alfred Birkenmayer za swoje zasługi wojenne odznaczony został Krzyżem Virtuti Militari, trzykrotnie Krzyżem Walecznych, Złotym Krzyżem Niepodległości z Mieczami. Na stronie internetowej ekslibrispolski.pl znajduje się 60 ekslibrisów Birkenmayera; Muzeum Papiernictwa w Dusznikach-Zdroju posiada ekslibrisy Mickiewiciana z 1926 r., zbiór Alfreda Birkenmayera; na Allegro Archiwum wystawione są trzy ekslibrisy z 1929 r.