Powstało na bazie kursów naukowych, na które uczęszczało w 1915 roku 42 chłopców. Inicjatorem powołania do życia placówki był Kazimierz Masijewski, absolwent Uniwersytetu Piotrogrodzkiego. W kwietniu 1918 roku szkoła przeszła na własność Stowarzyszenia Nauczycielstwa Polskiego. W momencie zakończenia wojny szkołą kierował Zygmunt Fedorowicz. Gimnazjum zostało upaństwowione 1 stycznia 1920 roku

. Pismem z 21 czerwca 1938 Ministerstwo Wyznań Religijnych i Oświecenia Publicznego zarządziło zlikwidowanie Państwowego Gimnazjum im. Joachima Lelewela w Wilnie z dniem 30 czerwca 1938.